\newpage
\item
\begin{center}
    \fbox{
        \begin{minipage}{0.9\textwidth}
            \textbf{Nić kodująca, nić matrycowa oraz indeksowanie w plazmidzie pET-28a: Przykład dla genu kanamycyny i regionu ekspresyjnego}
        \end{minipage}
    }
\end{center}

\vspace{.5cm}
\begin{longenum}
    \item Nić kodująca (+) i nić matrycowa (-)
    \begin{longenum}
        \item \textbf{Nić kodująca} (positive strand, +):
        \begin{longenum}
            \item Nić kodująca to ta, której sekwencja odpowiada mRNA (z uracylem zamiast tyminy), dlatego jest określana jako nić +.
            \item W pET-28a pozycje nukleotydów są indeksowane względem tej nici, co umożliwia jednoznaczne określenie pozycji elementów na mapie plazmidu.
            \item Przykład: Gen kanamycyny (\textit{KanR}), który jest skierowany na nici - (od 3’ do 5’ względem nici +), posiada pozycje opisane w odniesieniu do nici +.
        \end{longenum}
        
        \item \textbf{Nić matrycowa} (negative strand, -):
        \begin{longenum}
            \item Nić matrycowa jest komplementarna do nici kodującej i służy jako matryca podczas transkrypcji, umożliwiając syntezę mRNA.
            \item W przypadku genu na nici -, transkrypcja będzie przebiegać od wyższej do niższej pozycji (np. od pozycji 4807 do 3995 dla genu KanR), zachowując jednak kierunek od 5' do 3' na mRNA.
        \end{longenum}
    \end{longenum}

    \vspace{0.5cm}
    \item Orientacja genów w plazmidzie pET-28a i przykład dla regionu ekspresyjnego
    \begin{longenum}
        \item W plazmidzie pET-28a, geny w regionie ekspresyjnym pod kontrolą promotora T7 są skierowane na nici +. Oznacza to, że polimeraza T7 będzie wiązać się z nicią + i syntetyzować mRNA komplementarne do nici matrycowej (-).
        \item Geny kontrolowane przez promotor T7 (w regionie MCS) będą zatem transkrybowane w kierunku od 5' do 3' na nici +.
        \item Przykład: Jeśli gen docelowy zostanie wstawiony między 100 a 200, będzie transkrybowany w kierunku od 5' (100) do 3' (200) na nici +.
    \end{longenum}

    \vspace{0.5cm}
    \item Podsumowanie: Indeksowanie i orientacja w pET-28a
    \begin{longenum}
        \item W plazmidzie pET-28a wszystkie pozycje nukleotydowe są indeksowane względem nici +, nawet jeśli dany gen znajduje się na nici -.
        \item Transkrypcja dla genów na nici - (np. \textit{KanR}) przebiega od wyższego do niższego indeksu, podczas gdy dla genów na nici + (np. w regionie MCS) transkrypcja przebiega od niższego do wyższego indeksu.
        \item W ten sposób orientacja promotora oraz przypisanie nici kodującej/matrycowej wpływa na kierunek transkrypcji, ale zawsze odnosi się do ustalonego indeksowania względem nici +.
    \end{longenum}
\end{longenum}