t7 cds

doc/modules/pet28a.tex

@@ -36,6 +36,8 @@
            bind------------
                         -----------init
         \end{verbatim}
+        Transkrypcja rozpoczyna się przy oznaczonym gwiazdką guaninie \cite{rong1998}.
+
     \end{longenum}
 
     \vspace{0.5cm}

doc/references.bib

@@ -227,3 +227,17 @@
   pages = {6313--6317},
   year = {1982}
 }
+
+@article{rong1998,
+  author = {Rong, M. and He, B. and McAllister, W.T. and Durbin, R.K.},
+  title = {Promoter specificity determinants of T7 RNA polymerase},
+  journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America},
+  year = {1998},
+  volume = {95},
+  number = {2},
+  pages = {515--9},
+  doi = {10.1073/pnas.95.2.515},
+  pmid = {9435223},
+  bibcode = {1998PNAS...95..515R}
+}
+

py/protocol.py

@@ -125,7 +125,7 @@ if refseq_id:
 else:
     print("Nie znaleziono odpowiedniego RefSeq ID.")
 
-
+#%%
 # Wyświetlanie etykiet (annotacji) dla CDS
 for feature in record.features:
     if feature.type == "CDS":
@@ -234,7 +234,75 @@ for feature in record.features:
         print()
 
 
+#%%
+# Znajdź i wyświetl sekwencję promotora T7
+sq = []
+for feature in record.features:
+    if feature.type == "promoter" and "T7" in feature.qualifiers.get('note', [''])[0]:
+        print("Promotor T7 znaleziony:")
+        print(f"Type: {feature.type}")
+        print(f"Location: {feature.location}")
 
+        # Pobierz sekwencję promotora
+        promoter_seq = record.seq[feature.location.start:feature.location.end]
+
+        # Sprawdź orientację i odwróć/uzupełnij jeśli potrzebne
+        if feature.location.strand == 1:
+            strand_orientation = "(+)"
+            sequence_with_ends = f"5'-{promoter_seq}-3'"
+        elif feature.location.strand == -1:
+            strand_orientation = "(-)"
+            promoter_seq = promoter_seq.reverse_complement()
+            sequence_with_ends = f"3'-{promoter_seq}-5'"
+        else:
+            strand_orientation = "(unknown strand)"
+            sequence_with_ends = str(promoter_seq)
+
+        #print(f"Strand: {strand_orientation}")
+        print(f"Sequence: {sequence_with_ends}")
+        print()
+# Znajdź orientację CDS w pliku GenBank
+cds_orientation = None
+for feature in record.features:
+    if feature.type == "CDS":
+        cds_orientation = feature.location.strand
+        break  # Zakładamy, że interesuje nas pierwszy znaleziony CDS
+
+# Znajdź i wyświetl sekwencję promotora T7 z oznaczeniem na podstawie orientacji CDS
+for feature in record.features:
+    if feature.type == "promoter" and "T7" in feature.qualifiers.get('note', [''])[0]:
+        print("--")
+        print("Promotor T7 znaleziony:")
+        print(f"Type: {feature.type}")
+        
+        # Pobierz lokalizację
+        start = feature.location.start
+        end = feature.location.end
+
+        # Pobierz sekwencję promotora
+        promoter_seq = record.seq[start:end]
+
+        # Oblicz sekwencję komplementarną
+        complementary_seq = promoter_seq.complement()
+
+        # Przygotuj format wyjścia na podstawie orientacji CDS
+        if cds_orientation == 1:
+            # CDS na nici dodatniej
+            positive_strand_output = f"  [{start}:{end}](+) 5'-{promoter_seq}-3'"
+            negative_strand_output = f"  [{start}:{end}](-) 3'-{complementary_seq}-5'"
+        elif cds_orientation == -1:
+            # CDS na nici ujemnej
+            positive_strand_output = f"  [{start}:{end}](+) 5'-{promoter_seq}-3'"
+            negative_strand_output = f"* [{start}:{end}](-) 3'-{complementary_seq}-5'"
+        else:
+            # Orientacja CDS nieokreślona
+            positive_strand_output = f"  [{start}:{end}](unknown) 5'-{promoter_seq}-3'"
+            negative_strand_output = f"  [{start}:{end}](unknown) 3'-{complementary_seq}-5'"
+
+        # Wyświetl wyniki
+        print(f"(+): {positive_strand_output}")
+        print(f"(-): {negative_strand_output}")
+        print()
 
 #%%
 # Znajdź i wyświetl sekwencję terminatora T7
@@ -254,8 +322,6 @@ for feature in record.features:
         print(f"(+) Sequence: {terminator_seq}")
         print()
 
-#%%
-
 
 #%%
 t=record[25:73].seq