pfas/doc/modules/dehalogenaza_dhaa.tex

\item
\begin{center}
    \fbox{
        \begin{minipage}{0.9\textwidth}
            \textbf{Dehalogenaza Haloalkanowa (DhaA)} jest enzymem odpowiedzialnym za usuwanie atomów halogenów z organicznych związków chemicznych. Enzym ten jest stosowany w badaniach nad biodegradacją i biotransformacją związków fluoro- i chloroorganicznych, które są trudne do rozkładu \cite{jansson2004structural}.
        \end{minipage}
    }
\end{center}

\vspace{.5cm}
\begin{longenum}
    \item Opis Białka i Struktura
    \begin{longenum}
        \item Dehalogenaza haloalkanowa (DhaA) pochodzi z bakterii \textit{Xanthobacter autotrophicus}.
        \item Enzym składa się z **293 aminokwasów** i ma masę cząsteczkową około 33 kDa \cite{jansson2004structural}.
        \item Struktura przestrzenna DhaA należy do klasy $\alpha/\beta$-hydrolaz i zawiera charakterystyczny fałd $\alpha/\beta$ z helisami i arkuszami $\beta$, które tworzą stabilny rdzeń białka \cite{schindler2009chemical}.
        \item Struktura dzikiego typu DhaA jest dostępna w bazie danych PDB pod identyfikatorem **4E46**, co stanowi istotny punkt odniesienia w analizie mutantów tego enzymu \cite{jansson2004structural}.
    \end{longenum}

    \vspace{0.5cm}
    \item Centrum Katalityczne
    \begin{longenum}
        \item Centrum aktywne DhaA zawiera triadę katalityczną, typową dla enzymów z klasy $\alpha/\beta$-hydrolaz.
        \begin{longenum}
            \item \textbf{Triada katalityczna} składa się z trzech kluczowych reszt aminokwasowych: seryny (Ser145), kwasu asparaginowego (Asp176) oraz histydyny (His272) \cite{prokop2010structure}.
            \item W reakcji dehalogenacji seryna działa jako nukleofil, który atakuje substrat, inicjując reakcję rozszczepienia wiązania C-Hal (np. C-Cl lub C-F).
        \end{longenum}
        \item W centrum aktywnym występuje także kieszeń hydrofobowa, która stabilizuje hydrofobowe fragmenty substratu, ułatwiając jego wiązanie i rozkład \cite{kalum2006substrate}.
    \end{longenum}

    \vspace{0.5cm}
    \item Kofaktory i Wymagania
    \begin{longenum}
        \item Enzym nie wymaga dodatkowych kofaktorów, co czyni go stosunkowo łatwym do syntezy i użycia w systemach ekspresji heterologicznej, takich jak \textit{E. coli} \cite{jansson2004structural}.
        \item Optymalna aktywność DhaA występuje w obecności jonów sodu i potasu, które stabilizują strukturę białka i centrum aktywne.
    \end{longenum}

    \vspace{0.5cm}
    \item Dostępne Mutanty DhaA
    \begin{longenum}
        \item W celu zwiększenia aktywności i specyficzności DhaA dla różnych substratów, opracowano szereg mutantów tego enzymu.
        \begin{longenum}
            \item \textbf{DhaA80 (mutacja T148L/W264F)}: Wykazuje wyższą specyficzność wobec związków chloroorganicznych i jest stabilniejsza termicznie niż typ dziki. Struktura tego mutanta jest dostępna w bazie PDB pod identyfikatorem **7O8B** \cite{stsiapanava2010characterization}.
            \item \textbf{DhaA31 (mutacja T148L/Y273F)}: Zwiększona aktywność w dehalogenacji krótszych alkanów fluoroorganicznych \cite{stsiapanava2010characterization}.
            \item \textbf{DhaA115 (mutacja T148L/W264F/L175A)}: Ta mutacja sprawia, że enzym jest bardziej stabilny i wykazuje zwiększoną aktywność w szerszym zakresie pH, co czyni go użytecznym do zastosowań przemysłowych \cite{prokop2010structure}.
        \end{longenum}
    \end{longenum}
\end{longenum}

\vspace{0.5cm}
\textbf{Podsumowanie}: Dehalogenaza haloalkanowa (DhaA) jest wszechstronnym enzymem stosowanym w biodegradacji związków halogenowych. Zarówno struktura dzikiego typu (4E46), jak i mutanty, takie jak DhaA80 (7O8B), stanowią cenne obiekty do badań mechanizmu działania tego enzymu oraz jego wykorzystania w zastosowaniach przemysłowych \cite{jansson2004structural, schindler2009chemical, stsiapanava2010characterization}.