46 lines
2.8 KiB
TeX
46 lines
2.8 KiB
TeX
|
\newpage
|
|||
|
|
\item
|
|||
|
|
\begin{center}
|
|||
|
|
\fbox{
|
|||
|
|
\begin{minipage}{0.9\textwidth}
|
|||
|
|
\textbf{Nić kodująca, nić matrycowa oraz indeksowanie w plazmidzie pET-28a: Przykład dla genu kanamycyny i regionu ekspresyjnego}
|
|||
|
|
\end{minipage}
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
\end{center}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
\vspace{.5cm}
|
|||
|
|
\begin{longenum}
|
|||
|
|
\item Nić kodująca (+) i nić matrycowa (-)
|
|||
|
|
\begin{longenum}
|
|||
|
|
\item \textbf{Nić kodująca} (positive strand, +):
|
|||
|
|
\begin{longenum}
|
|||
|
|
\item Nić kodująca to ta, której sekwencja odpowiada mRNA (z uracylem zamiast tyminy), dlatego jest określana jako nić +.
|
|||
|
|
\item W pET-28a pozycje nukleotydów są indeksowane względem tej nici, co umożliwia jednoznaczne określenie pozycji elementów na mapie plazmidu.
|
|||
|
|
\item Przykład: Gen kanamycyny (\textit{KanR}), który jest skierowany na nici - (od 3’ do 5’ względem nici +), posiada pozycje opisane w odniesieniu do nici +.
|
|||
|
|
\end{longenum}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
\item \textbf{Nić matrycowa} (negative strand, -):
|
|||
|
|
\begin{longenum}
|
|||
|
|
\item Nić matrycowa jest komplementarna do nici kodującej i służy jako matryca podczas transkrypcji, umożliwiając syntezę mRNA.
|
|||
|
|
\item W przypadku genu na nici -, transkrypcja będzie przebiegać od wyższej do niższej pozycji (np. od pozycji 4807 do 3995 dla genu KanR), zachowując jednak kierunek od 5' do 3' na mRNA.
|
|||
|
|
\end{longenum}
|
|||
|
|
\end{longenum}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
\vspace{0.5cm}
|
|||
|
|
\item Orientacja genów w plazmidzie pET-28a i przykład dla regionu ekspresyjnego
|
|||
|
|
\begin{longenum}
|
|||
|
|
\item W plazmidzie pET-28a, geny w regionie ekspresyjnym pod kontrolą promotora T7 są skierowane na nici +. Oznacza to, że polimeraza T7 będzie wiązać się z nicią + i syntetyzować mRNA komplementarne do nici matrycowej (-).
|
|||
|
|
\item Geny kontrolowane przez promotor T7 (w regionie MCS) będą zatem transkrybowane w kierunku od 5' do 3' na nici +.
|
|||
|
|
\item Przykład: Jeśli gen docelowy zostanie wstawiony między 100 a 200, będzie transkrybowany w kierunku od 5' (100) do 3' (200) na nici +.
|
|||
|
|
\end{longenum}
|
|||
|
|
|
|||
|
|
\vspace{0.5cm}
|
|||
|
|
\item Podsumowanie: Indeksowanie i orientacja w pET-28a
|
|||
|
|
\begin{longenum}
|
|||
|
|
\item W plazmidzie pET-28a wszystkie pozycje nukleotydowe są indeksowane względem nici +, nawet jeśli dany gen znajduje się na nici -.
|
|||
|
|
\item Transkrypcja dla genów na nici - (np. \textit{KanR}) przebiega od wyższego do niższego indeksu, podczas gdy dla genów na nici + (np. w regionie MCS) transkrypcja przebiega od niższego do wyższego indeksu.
|
|||
|
|
\item W ten sposób orientacja promotora oraz przypisanie nici kodującej/matrycowej wpływa na kierunek transkrypcji, ale zawsze odnosi się do ustalonego indeksowania względem nici +.
|
|||
|
|
\end{longenum}
|
|||
|
|
\end{longenum}
|
|||
|
|
|