genetics/cmd/seq2fasta.py

17 lines
615 B
Python

from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio import SeqIO
# Sekwencja do zapisania
sequence_str = "GTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACCGAGTTATACAACTCATCAACCCTGTGAACATACCTAAACGTTGCCTCGGCGGGAACAGACGGCCCCGTGAAACGGGCCGCCCCCGCCAGAGGA"
# Tworzenie obiektu SeqRecord, który przechowuje sekwencję i opis
seq_record = SeqRecord(Seq(sequence_str), id="Sample_2", description="Próbka 2 - ITS1")
# Zapis do pliku FASTA
with open("../data/sequence.fasta", "w") as output_handle:
SeqIO.write(seq_record, output_handle, "fasta")
print("Sekwencja zapisana do pliku 'sequence.fasta' w formacie FASTA.")