from Bio import Entrez, SeqIO
import os

# Konfiguracja email dla Entrez (wymagane przez NCBI)
Entrez.email = "baiobelfer@gmail.com"

# Identyfikatory GenBank dla wybranych izolatów Fusarium solani
genbank_ids = [
    "217314860",  # Fusarium solani isolate T03
    "2813891763", # Fusarium solani isolate Fso2
    "599088294",  # Uncultured Fusarium clone TTRK-10
    "2813891767", # Fusarium solani isolate Fso6
    "2187833333"  # Fusarium solani isolate CBG103
]

# Katalog do zapisu plików FASTA
data_dir = "../data"
os.makedirs(data_dir, exist_ok=True)

# Funkcja do pobierania genomów i zapisywania ich w plikach FASTA
def download_genome(genbank_id):
    try:
        # Pobieranie rekordu z NCBI w formacie FASTA
        with Entrez.efetch(db="nucleotide", id=genbank_id, rettype="fasta", retmode="text") as handle:
            record = SeqIO.read(handle, "fasta")
            # Zapis rekordu do pliku FASTA w katalogu ../data
            fasta_path = os.path.join(data_dir, f"{genbank_id}.fasta")
            SeqIO.write(record, fasta_path, "fasta")
            print(f"Pobrano i zapisano {genbank_id} do {fasta_path}")
    except Exception as e:
        print(f"Nie udało się pobrać {genbank_id}: {e}")

# Pobieranie i zapisywanie genomów dla każdego ID
for genbank_id in genbank_ids:
    download_genome(genbank_id)

print("Pobieranie zakończone.")