init

add seq2fasta

cmd/seq2fasta.py

@@ -0,0 +1,16 @@
+from Bio.Seq import Seq
+from Bio.SeqRecord import SeqRecord
+from Bio import SeqIO
+
+# Sekwencja do zapisania
+sequence_str = "GTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACCGAGTTATACAACTCATCAACCCTGTGAACATACCTAAACGTTGCCTCGGCGGGAACAGACGGCCCCGTGAAACGGGCCGCCCCCGCCAGAGGA"
+
+# Tworzenie obiektu SeqRecord, który przechowuje sekwencję i opis
+seq_record = SeqRecord(Seq(sequence_str), id="Sample_2", description="Próbka 2 - ITS1")
+
+# Zapis do pliku FASTA
+with open("../data/sequence.fasta", "w") as output_handle:
+    SeqIO.write(seq_record, output_handle, "fasta")
+
+print("Sekwencja zapisana do pliku 'sequence.fasta' w formacie FASTA.")
+

data/sequence.fasta

@@ -0,0 +1,4 @@
+>Sample_2 Próbka 2 - ITS1
+GTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACCGAGTTATACAACTCATCAACCCTGTGAACAT
+ACCTAAACGTTGCCTCGGCGGGAACAGACGGCCCCGTGAAACGGGCCGCCCCCGCCAGAG
+GA