bioinf/doc/modules/arabidopsis.tex

65 lines
3.9 KiB
TeX

\item
\begin{center}
\fbox{
\begin{minipage}{0.9\textwidth}
\textbf{Arabidopsis jako roślina modelowa}
\end{minipage}
}
\end{center}
\section*
\begin{longenum}
\item Dlaczego Arabidopsis jest rośliną modelową?
\begin{longenum}
\item \textbf{Genom mały i dobrze poznany}: Arabidopsis thaliana była pierwszą rośliną, której pełny genom został zsekwencjonowany. Dzięki niewielkiemu genomowi (około 135 Mb) oraz dużej liczbie dostępnych narzędzi genetycznych, jest idealnym modelem do badań nad genetyką roślin.
\item \textbf{Krótki cykl życiowy}: Arabidopsis ma szybki cykl życiowy (około 6 tygodni od nasion do nasion), co pozwala na szybkie prowadzenie badań i eksperymentów.
\item \textbf{Łatwość manipulacji genetycznych}: Dzięki liczbie dostępnych mutantów, linii transgenicznych oraz technik takich jak CRISPR, Arabidopsis jest świetnym systemem modelowym do badania funkcji genów.
\end{longenum}
\item Bazy danych do analizy genów Arabidopsis
\begin{longenum}
\item \textbf{TAIR (The Arabidopsis Information Resource)}:
\begin{longenum}
\item Największa baza danych zawierająca informacje o genomie Arabidopsis, sekwencjach genów, mutantach oraz ich funkcjach.
\item Można wyszukiwać specyficzne geny oraz przeglądać informacje dotyczące ekspresji genów, fenotypów oraz publikacji.
\end{longenum}
\item \textbf{ATTED-II}:
\begin{longenum}
\item Baza danych powiązań genetycznych oparta na współekspresji genów w różnych warunkach.
\item Może być używana do identyfikacji genów związanych z odpowiedzią na stresy środowiskowe, takie jak susza.
\end{longenum}
\item \textbf{ARaport}:
\begin{longenum}
\item Narzędzie do analizowania i wizualizowania profili ekspresji genów Arabidopsis.
\item Umożliwia analizę genów aktywowanych w odpowiedzi na różne czynniki stresowe.
\end{longenum}
\item \textbf{Gene Ontology (GO)}:
\begin{longenum}
\item Baza danych klasyfikacji funkcji genów, która pomaga w identyfikacji i analizie genów odpowiedzialnych za określone procesy biologiczne, takie jak odporność na stresy abiotyczne.
\end{longenum}
\end{longenum}
\item Geny Arabidopsis związane z odpornością na suszę
\begin{longenum}
\item \textbf{DREB1A (Dehydration-Responsive Element-Binding Protein 1A)}:
\begin{longenum}
\item Gen kodujący czynnik transkrypcyjny, który reguluje ekspresję wielu genów odpowiedzi na stres, w tym suszę.
\item Wzmacnia odporność na suszę poprzez aktywowanie ścieżek sygnałowych odpowiedzi na niedobór wody.
\end{longenum}
\item \textbf{RD29A (Response to Dehydration 29A)}:
\begin{longenum}
\item Jeden z głównych genów markerowych dla stresu suszy, regulowany przez DREB1A.
\item Jego ekspresja jest indukowana przez stres związany z odwodnieniem oraz niską temperaturą.
\end{longenum}
\item \textbf{NHX1 (Sodium/Hydrogen Exchanger 1)}:
\begin{longenum}
\item Gen kodujący białko transportujące jonów, które pomaga w utrzymaniu homeostazy jonowej w warunkach suszy.
\item Jego nadekspresja poprawia zdolność rośliny do przetrwania suszy poprzez zwiększenie magazynowania jonów i regulację ciśnienia osmotycznego.
\end{longenum}
\item \textbf{P5CS1 (Δ1-Pyrroline-5-Carboxylate Synthetase 1)}:
\begin{longenum}
\item Kluczowy enzym w syntezie proliny, aminokwasu pełniącego rolę osmolitu, który pomaga roślinom przetrwać stres związany z odwodnieniem.
\item Wyższy poziom proliny w komórkach poprawia tolerancję na suszę.
\end{longenum}
\end{longenum}
\end{longenum}