from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq

# Załaduj sekwencje genów z pliku FASTA
def load_sequences(file_path):
    return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta"))

# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG")
def find_crispr_sites(sequence):
    pam = "NGG"
    sites = []
    for i in range(len(sequence) - 23):
        target = sequence[i:i+20]
        pam_site = sequence[i+20:i+23]
        if pam_site.endswith("GG"):
            sites.append(target + pam_site)
    return sites

# Przykład użycia
genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta")
for gene in genes:
    print(f"Gene ID: {gene.id}")
    crispr_sites = find_crispr_sites(str(gene.seq))
    print(f"Potential CRISPR sites: {crispr_sites[:5]}")  # wyświetl tylko 5 pierwszych