biotech
/
bioinf
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Packages Projects Releases Wiki Activity

Compare commits

base: biotech:crispr
Branches Tags
biotech:crispr
biotech:mpabi
..
compare: biotech:mpabi
Branches Tags
biotech:mpabi
biotech:crispr

No commits in common. "crispr" and "mpabi" have entirely different histories.
crispr ... mpabi

11 changed files with 206 additions and 3338 deletions
Show Stats Expand all files Collapse all files

6
doc/commit.tex
View File

@ -1,4 +1,4 @@
\newcommand{\commitUUID}{a933aa76f247eff8d178a6293628be451baecdf0} \newcommand{\commitUUID}{98463cfa7bc8b50867b6481bc63a28b9eb0d4478}
\newcommand{\commitDate}{2024-10-23 18:30:31 +0200} \newcommand{\commitDate}{2024-10-22 10:31:59 +0200}
\newcommand{\commitComment}{init} \newcommand{\commitComment}{start}
\newcommand{\commitTag}{} \newcommand{\commitTag}{}

22
doc/main.aux
View File

@ -1,22 +0,0 @@
\relax
\providecommand{\transparent@use}[1]{}
\abx@aux@refcontext{nty/global//global/global}
\providecommand\babel@aux[2]{}
\@nameuse{bbl@beforestart}
\catcode `"\active
\abx@aux@cite{0}{doudnaNewFrontierGenome2014}
\abx@aux@segm{0}{0}{doudnaNewFrontierGenome2014}
\abx@aux@cite{0}{jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012}
\abx@aux@segm{0}{0}{jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012}
\abx@aux@cite{0}{jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012}
\abx@aux@segm{0}{0}{jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012}
\abx@aux@cite{0}{montecilloCRISPRCas9SystemPlant2020}
\abx@aux@segm{0}{0}{montecilloCRISPRCas9SystemPlant2020}
\abx@aux@cite{0}{doudnaNewFrontierGenome2014}
\abx@aux@segm{0}{0}{doudnaNewFrontierGenome2014}
\babel@aux{polish}{}
\newlabel{sec:crispr}{{}{1}}
\newlabel{sec:bio}{{}{3}}
\abx@aux@read@bbl@mdfivesum{nobblfile}
\abx@aux@read@bblrerun
\gdef \@abspage@last{3}

2397
doc/main.bcf
View File

File diff suppressed because it is too large Load Diff

776
doc/main.log
View File

@ -1,776 +0,0 @@
This is pdfTeX, Version 3.141592653-2.6-1.40.24 (TeX Live 2022/Debian) (preloaded format=pdflatex 2024.9.20) 23 OCT 2024 18:31
entering extended mode
restricted \write18 enabled.
%&-line parsing enabled.
**main
(./main.tex
LaTeX2e <2022-11-01> patch level 1
L3 programming layer <2023-01-16>
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/report.cls
Document Class: report 2022/07/02 v1.4n Standard LaTeX document class
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/size10.clo
File: size10.clo 2022/07/02 v1.4n Standard LaTeX file (size option)
)
\c@part=\count185
\c@chapter=\count186
\c@section=\count187
\c@subsection=\count188
\c@subsubsection=\count189
\c@paragraph=\count190
\c@subparagraph=\count191
\c@figure=\count192
\c@table=\count193
\abovecaptionskip=\skip48
\belowcaptionskip=\skip49
\bibindent=\dimen140
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/geometry/geometry.sty
Package: geometry 2020/01/02 v5.9 Page Geometry
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/keyval.sty
Package: keyval 2022/05/29 v1.15 key=value parser (DPC)
\KV@toks@=\toks16
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/iftex/ifvtex.sty
Package: ifvtex 2019/10/25 v1.7 ifvtex legacy package. Use iftex instead.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/iftex/iftex.sty
Package: iftex 2022/02/03 v1.0f TeX engine tests
))
\Gm@cnth=\count194
\Gm@cntv=\count195
\c@Gm@tempcnt=\count196
\Gm@bindingoffset=\dimen141
\Gm@wd@mp=\dimen142
\Gm@odd@mp=\dimen143
\Gm@even@mp=\dimen144
\Gm@layoutwidth=\dimen145
\Gm@layoutheight=\dimen146
\Gm@layouthoffset=\dimen147
\Gm@layoutvoffset=\dimen148
\Gm@dimlist=\toks17
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/biblatex.sty
Package: biblatex 2022/07/12 v3.18b programmable bibliographies (PK/MW)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/pdftexcmds/pdftexcmds.sty
Package: pdftexcmds 2020-06-27 v0.33 Utility functions of pdfTeX for LuaTeX (HO
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/infwarerr/infwarerr.sty
Package: infwarerr 2019/12/03 v1.5 Providing info/warning/error messages (HO)
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/ltxcmds/ltxcmds.sty
Package: ltxcmds 2020-05-10 v1.25 LaTeX kernel commands for general use (HO)
)
Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
Package pdftexcmds Info: \pdfdraftmode found.
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/etoolbox/etoolbox.sty
Package: etoolbox 2020/10/05 v2.5k e-TeX tools for LaTeX (JAW)
\etb@tempcnta=\count197
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/kvoptions/kvoptions.sty
Package: kvoptions 2022-06-15 v3.15 Key value format for package options (HO)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/kvsetkeys/kvsetkeys.sty
Package: kvsetkeys 2022-10-05 v1.19 Key value parser (HO)
))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/logreq/logreq.sty
Package: logreq 2010/08/04 v1.0 xml request logger
\lrq@indent=\count198
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/logreq/logreq.def
File: logreq.def 2010/08/04 v1.0 logreq spec v1.0
))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ifthen.sty
Package: ifthen 2022/04/13 v1.1d Standard LaTeX ifthen package (DPC)
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/url/url.sty
\Urlmuskip=\muskip16
Package: url 2013/09/16 ver 3.4 Verb mode for urls, etc.
)
\c@tabx@nest=\count199
\c@listtotal=\count266
\c@listcount=\count267
\c@liststart=\count268
\c@liststop=\count269
\c@citecount=\count270
\c@citetotal=\count271
\c@multicitecount=\count272
\c@multicitetotal=\count273
\c@instcount=\count274
\c@maxnames=\count275
\c@minnames=\count276
\c@maxitems=\count277
\c@minitems=\count278
\c@citecounter=\count279
\c@maxcitecounter=\count280
\c@savedcitecounter=\count281
\c@uniquelist=\count282
\c@uniquename=\count283
\c@refsection=\count284
\c@refsegment=\count285
\c@maxextratitle=\count286
\c@maxextratitleyear=\count287
\c@maxextraname=\count288
\c@maxextradate=\count289
\c@maxextraalpha=\count290
\c@abbrvpenalty=\count291
\c@highnamepenalty=\count292
\c@lownamepenalty=\count293
\c@maxparens=\count294
\c@parenlevel=\count295
\blx@tempcnta=\count296
\blx@tempcntb=\count297
\blx@tempcntc=\count298
\c@blx@maxsection=\count299
\blx@maxsegment@0=\count300
\blx@notetype=\count301
\blx@parenlevel@text=\count302
\blx@parenlevel@foot=\count303
\blx@sectionciteorder@0=\count304
\blx@sectionciteorderinternal@0=\count305
\blx@entrysetcounter=\count306
\blx@biblioinstance=\count307
\labelnumberwidth=\skip50
\labelalphawidth=\skip51
\biblabelsep=\skip52
\bibitemsep=\skip53
\bibnamesep=\skip54
\bibinitsep=\skip55
\bibparsep=\skip56
\bibhang=\skip57
\blx@bcfin=\read2
\blx@bcfout=\write3
\blx@langwohyphens=\language87
\c@mincomprange=\count308
\c@maxcomprange=\count309
\c@mincompwidth=\count310
Package biblatex Info: Trying to load biblatex default data model...
Package biblatex Info: ... file 'blx-dm.def' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/blx-dm.def
File: blx-dm.def 2022/07/12 v3.18b biblatex localization (PK/MW)
)
Package biblatex Info: Trying to load biblatex custom data model...
Package biblatex Info: ... file 'biblatex-dm.cfg' not found.
\c@afterword=\count311
\c@savedafterword=\count312
\c@annotator=\count313
\c@savedannotator=\count314
\c@author=\count315
\c@savedauthor=\count316
\c@bookauthor=\count317
\c@savedbookauthor=\count318
\c@commentator=\count319
\c@savedcommentator=\count320
\c@editor=\count321
\c@savededitor=\count322
\c@editora=\count323
\c@savededitora=\count324
\c@editorb=\count325
\c@savededitorb=\count326
\c@editorc=\count327
\c@savededitorc=\count328
\c@foreword=\count329
\c@savedforeword=\count330
\c@holder=\count331
\c@savedholder=\count332
\c@introduction=\count333
\c@savedintroduction=\count334
\c@namea=\count335
\c@savednamea=\count336
\c@nameb=\count337
\c@savednameb=\count338
\c@namec=\count339
\c@savednamec=\count340
\c@translator=\count341
\c@savedtranslator=\count342
\c@shortauthor=\count343
\c@savedshortauthor=\count344
\c@shorteditor=\count345
\c@savedshorteditor=\count346
\c@labelname=\count347
\c@savedlabelname=\count348
\c@institution=\count349
\c@savedinstitution=\count350
\c@lista=\count351
\c@savedlista=\count352
\c@listb=\count353
\c@savedlistb=\count354
\c@listc=\count355
\c@savedlistc=\count356
\c@listd=\count357
\c@savedlistd=\count358
\c@liste=\count359
\c@savedliste=\count360
\c@listf=\count361
\c@savedlistf=\count362
\c@location=\count363
\c@savedlocation=\count364
\c@organization=\count365
\c@savedorganization=\count366
\c@origlocation=\count367
\c@savedoriglocation=\count368
\c@origpublisher=\count369
\c@savedorigpublisher=\count370
\c@publisher=\count371
\c@savedpublisher=\count372
\c@language=\count373
\c@savedlanguage=\count374
\c@origlanguage=\count375
\c@savedoriglanguage=\count376
\c@pageref=\count377
\c@savedpageref=\count378
\shorthandwidth=\skip58
\shortjournalwidth=\skip59
\shortserieswidth=\skip60
\shorttitlewidth=\skip61
\shortauthorwidth=\skip62
\shorteditorwidth=\skip63
\locallabelnumberwidth=\skip64
\locallabelalphawidth=\skip65
\localshorthandwidth=\skip66
\localshortjournalwidth=\skip67
\localshortserieswidth=\skip68
\localshorttitlewidth=\skip69
\localshortauthorwidth=\skip70
\localshorteditorwidth=\skip71
Package biblatex Info: Trying to load compatibility code...
Package biblatex Info: ... file 'blx-compat.def' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/blx-compat.def
File: blx-compat.def 2022/07/12 v3.18b biblatex compatibility (PK/MW)
)
Package biblatex Info: Trying to load generic definitions...
Package biblatex Info: ... file 'biblatex.def' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/biblatex.def
File: biblatex.def 2022/07/12 v3.18b biblatex compatibility (PK/MW)
\c@textcitecount=\count379
\c@textcitetotal=\count380
\c@textcitemaxnames=\count381
\c@biburlbigbreakpenalty=\count382
\c@biburlbreakpenalty=\count383
\c@biburlnumpenalty=\count384
\c@biburlucpenalty=\count385
\c@biburllcpenalty=\count386
\biburlbigskip=\muskip17
\biburlnumskip=\muskip18
\biburlucskip=\muskip19
\biburllcskip=\muskip20
\c@smartand=\count387
)
Package biblatex Info: Trying to load bibliography style 'numeric'...
Package biblatex Info: ... file 'numeric.bbx' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/bbx/numeric.bbx
File: numeric.bbx 2022/07/12 v3.18b biblatex bibliography style (PK/MW)
Package biblatex Info: Trying to load bibliography style 'standard'...
Package biblatex Info: ... file 'standard.bbx' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/bbx/standard.bbx
File: standard.bbx 2022/07/12 v3.18b biblatex bibliography style (PK/MW)
\c@bbx:relatedcount=\count388
\c@bbx:relatedtotal=\count389
))
Package biblatex Info: Trying to load citation style 'numeric'...
Package biblatex Info: ... file 'numeric.cbx' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/cbx/numeric.cbx
File: numeric.cbx 2022/07/12 v3.18b biblatex citation style (PK/MW)
Package biblatex Info: Redefining '\cite'.
Package biblatex Info: Redefining '\parencite'.
Package biblatex Info: Redefining '\footcite'.
Package biblatex Info: Redefining '\footcitetext'.
Package biblatex Info: Redefining '\smartcite'.
Package biblatex Info: Redefining '\supercite'.
Package biblatex Info: Redefining '\textcite'.
Package biblatex Info: Redefining '\textcites'.
Package biblatex Info: Redefining '\cites'.
Package biblatex Info: Redefining '\parencites'.
Package biblatex Info: Redefining '\smartcites'.
)
Package biblatex Info: Trying to load configuration file...
Package biblatex Info: ... file 'biblatex.cfg' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/biblatex.cfg
File: biblatex.cfg
)
Package biblatex Warning: 'firstinits' option is deprecated.
(biblatex) Please use 'giveninits' instead.
Package biblatex Info: Input encoding 'utf8' detected.
Package biblatex Info: Document encoding is UTF8 ....
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/l3kernel/expl3.sty
Package: expl3 2023-01-16 L3 programming layer (loader)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/l3backend/l3backend-pdftex.def
File: l3backend-pdftex.def 2023-01-16 L3 backend support: PDF output (pdfTeX)
\l__color_backend_stack_int=\count390
\l__pdf_internal_box=\box51
))
Package biblatex Info: ... and expl3
(biblatex) 2023-01-16 L3 programming layer (loader)
(biblatex) is new enough (at least 2020/04/06),
(biblatex) setting 'casechanger=expl3'.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/blx-case-expl3.sty
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/l3packages/xparse/xparse.sty
Package: xparse 2023-01-16 L3 Experimental document command parser
)
Package: blx-case-expl3 2022/07/12 v3.18b expl3 case changing code for biblatex
))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/inputenc.sty
Package: inputenc 2021/02/14 v1.3d Input encoding file
\inpenc@prehook=\toks18
\inpenc@posthook=\toks19
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/fontenc.sty
Package: fontenc 2021/04/29 v2.0v Standard LaTeX package
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/babel/babel.sty
Package: babel 2022/12/26 3.84 The Babel package
\babel@savecnt=\count391
\U@D=\dimen149
\l@unhyphenated=\language88
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/babel/txtbabel.def)
\bbl@readstream=\read3
\bbl@dirlevel=\count392
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/babel-polish/polish.ldf
Language: polish 2022/03/12 1.3 Babel support for Polish
Package babel Info: Making " an active character on input line 101.
))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/babel/locale/pl/babel-polish.tex
Package babel Info: Importing font and identification data for polish
(babel) from babel-pl.ini. Reported on input line 11.
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.sty
\lst@mode=\count393
\lst@gtempboxa=\box52
\lst@token=\toks20
\lst@length=\count394
\lst@currlwidth=\dimen150
\lst@column=\count395
\lst@pos=\count396
\lst@lostspace=\dimen151
\lst@width=\dimen152
\lst@newlines=\count397
\lst@lineno=\count398
\lst@maxwidth=\dimen153
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
File: lstmisc.sty 2020/03/24 1.8d (Carsten Heinz)
\c@lstnumber=\count399
\lst@skipnumbers=\count400
\lst@framebox=\box53
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.cfg
File: listings.cfg 2020/03/24 1.8d listings configuration
))
Package: listings 2020/03/24 1.8d (Carsten Heinz)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/titlesec/titlesec.sty
Package: titlesec 2021/07/05 v2.14 Sectioning titles
\ttl@box=\box54
\beforetitleunit=\skip72
\aftertitleunit=\skip73
\ttl@plus=\dimen154
\ttl@minus=\dimen155
\ttl@toksa=\toks21
\titlewidth=\dimen156
\titlewidthlast=\dimen157
\titlewidthfirst=\dimen158
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tocloft/tocloft.sty
Package: tocloft 2017/08/31 v2.3i parameterised ToC, etc., typesetting
Package tocloft Info: The document has chapter divisions on input line 51.
\cftparskip=\skip74
\cftbeforetoctitleskip=\skip75
\cftaftertoctitleskip=\skip76
\cftbeforepartskip=\skip77
\cftpartnumwidth=\skip78
\cftpartindent=\skip79
\cftbeforechapskip=\skip80
\cftchapindent=\skip81
\cftchapnumwidth=\skip82
\cftbeforesecskip=\skip83
\cftsecindent=\skip84
\cftsecnumwidth=\skip85
\cftbeforesubsecskip=\skip86
\cftsubsecindent=\skip87
\cftsubsecnumwidth=\skip88
\cftbeforesubsubsecskip=\skip89
\cftsubsubsecindent=\skip90
\cftsubsubsecnumwidth=\skip91
\cftbeforeparaskip=\skip92
\cftparaindent=\skip93
\cftparanumwidth=\skip94
\cftbeforesubparaskip=\skip95
\cftsubparaindent=\skip96
\cftsubparanumwidth=\skip97
\cftbeforeloftitleskip=\skip98
\cftafterloftitleskip=\skip99
\cftbeforefigskip=\skip100
\cftfigindent=\skip101
\cftfignumwidth=\skip102
\c@lofdepth=\count401
\c@lotdepth=\count402
\cftbeforelottitleskip=\skip103
\cftafterlottitleskip=\skip104
\cftbeforetabskip=\skip105
\cfttabindent=\skip106
\cfttabnumwidth=\skip107
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/enumitem/enumitem.sty
Package: enumitem 2019/06/20 v3.9 Customized lists
\labelindent=\skip108
\enit@outerparindent=\dimen159
\enit@toks=\toks22
\enit@inbox=\box55
\enit@count@id=\count403
\enitdp@description=\count404
)
\c@longenumi=\count405
\c@longenumii=\count406
\c@longenumiii=\count407
\c@longenumiv=\count408
\c@longenumv=\count409
\enitdp@longenum=\count410
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
Package: fancyhdr 2022/11/09 v4.1 Extensive control of page headers and footers
\f@nch@headwidth=\skip109
\f@nch@O@elh=\skip110
\f@nch@O@erh=\skip111
\f@nch@O@olh=\skip112
\f@nch@O@orh=\skip113
\f@nch@O@elf=\skip114
\f@nch@O@erf=\skip115
\f@nch@O@olf=\skip116
\f@nch@O@orf=\skip117
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/eso-pic/eso-pic.sty
Package: eso-pic 2020/10/14 v3.0a eso-pic (RN)
\ESO@tempdima=\dimen160
\ESO@tempdimb=\dimen161
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/xcolor/xcolor.sty
Package: xcolor 2022/06/12 v2.14 LaTeX color extensions (UK)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics-cfg/color.cfg
File: color.cfg 2016/01/02 v1.6 sample color configuration
)
Package xcolor Info: Driver file: pdftex.def on input line 227.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics-def/pdftex.def
File: pdftex.def 2022/09/22 v1.2b Graphics/color driver for pdftex
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/mathcolor.ltx)
Package xcolor Info: Model `cmy' substituted by `cmy0' on input line 1353.
Package xcolor Info: Model `hsb' substituted by `rgb' on input line 1357.
Package xcolor Info: Model `RGB' extended on input line 1369.
Package xcolor Info: Model `HTML' substituted by `rgb' on input line 1371.
Package xcolor Info: Model `Hsb' substituted by `hsb' on input line 1372.
Package xcolor Info: Model `tHsb' substituted by `hsb' on input line 1373.
Package xcolor Info: Model `HSB' substituted by `hsb' on input line 1374.
Package xcolor Info: Model `Gray' substituted by `gray' on input line 1375.
Package xcolor Info: Model `wave' substituted by `hsb' on input line 1376.
))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphicx.sty
Package: graphicx 2021/09/16 v1.2d Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphics.sty
Package: graphics 2022/03/10 v1.4e Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/trig.sty
Package: trig 2021/08/11 v1.11 sin cos tan (DPC)
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics-cfg/graphics.cfg
File: graphics.cfg 2016/06/04 v1.11 sample graphics configuration
)
Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 107.
)
\Gin@req@height=\dimen162
\Gin@req@width=\dimen163
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/transparent/transparent.sty
Package: transparent 2022-10-27 v1.5 Transparency with color stacks
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/transparent/transparent-nometadata.sty
Package: transparent-nometadata 2022-10-27 v1.5 Transparency via pdfTeX's color
stack (HO)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/auxhook/auxhook.sty
Package: auxhook 2019-12-17 v1.6 Hooks for auxiliary files (HO)
)))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/datetime2/datetime2.sty
Package: datetime2 2021/03/21 v1.5.7 (NLCT) date and time formats
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tracklang/tracklang.sty
Package: tracklang 2022/12/13 v1.6.1 (NLCT) Track Languages
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/tracklang/tracklang.tex))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/xkeyval/xkeyval.sty
Package: xkeyval 2022/06/16 v2.9 package option processing (HA)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/xkeyval/xkeyval.tex
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/xkeyval/xkvutils.tex
\XKV@toks=\toks23
\XKV@tempa@toks=\toks24
)
\XKV@depth=\count411
File: xkeyval.tex 2014/12/03 v2.7a key=value parser (HA)
))
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/datetime2-polish/datetime2-polish.ldf
File: datetime2-polish.ldf 2018/08/21 v1.1
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/iftex/ifxetex.sty
Package: ifxetex 2019/10/25 v0.7 ifxetex legacy package. Use iftex instead.
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/iftex/ifluatex.sty
Package: ifluatex 2019/10/25 v1.5 ifluatex legacy package. Use iftex instead.
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/datetime2-polish/datetime2-polish-asci
i.ldf
File: datetime2-polish-ascii.ldf 2018/08/21 v1.1
))) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/ulem/ulem.sty
\UL@box=\box56
\UL@hyphenbox=\box57
\UL@skip=\skip118
\UL@hook=\toks25
\UL@height=\dimen164
\UL@pe=\count412
\UL@pixel=\dimen165
\ULC@box=\box58
Package: ulem 2019/11/18
\ULdepth=\dimen166
)
(./commit.tex)
Package biblatex Warning: Load 'inputenc' before biblatex.
Package biblatex Warning: Missing 'hyperref' package.
(biblatex) Setting 'hyperref=false'.
Package biblatex Warning: 'babel/polyglossia' detected but 'csquotes' missing.
(biblatex) Loading 'csquotes' recommended.
\@quotelevel=\count413
\@quotereset=\count414
(./main.aux)
\openout1 = `main.aux'.
LaTeX Font Info: Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
LaTeX Font Info: Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
LaTeX Font Info: Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
LaTeX Font Info: Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
LaTeX Font Info: Checking defaults for TS1/cmr/m/n on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
LaTeX Font Info: Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
LaTeX Font Info: Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 139.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 139.
*geometry* driver: auto-detecting
*geometry* detected driver: pdftex
*geometry* verbose mode - [ preamble ] result:
* driver: pdftex
* paper: a4paper
* layout: <same size as paper>
* layoutoffset:(h,v)=(0.0pt,0.0pt)
* modes:
* h-part:(L,W,R)=(73.97733pt, 449.55322pt, 73.97733pt)
* v-part:(T,H,B)=(73.97733pt, 697.0922pt, 73.97733pt)
* \paperwidth=597.50787pt
* \paperheight=845.04684pt
* \textwidth=449.55322pt
* \textheight=697.0922pt
* \oddsidemargin=1.70734pt
* \evensidemargin=1.70734pt
* \topmargin=-35.29266pt
* \headheight=12.0pt
* \headsep=25.0pt
* \topskip=10.0pt
* \footskip=30.0pt
* \marginparwidth=65.0pt
* \marginparsep=11.0pt
* \columnsep=10.0pt
* \skip\footins=9.0pt plus 4.0pt minus 2.0pt
* \hoffset=0.0pt
* \voffset=0.0pt
* \mag=1000
* \@twocolumnfalse
* \@twosidefalse
* \@mparswitchfalse
* \@reversemarginfalse
* (1in=72.27pt=25.4mm, 1cm=28.453pt)
Package biblatex Info: Trying to load language 'polish'...
Package biblatex Info: ... file 'polish.lbx' found.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/biblatex/lbx/polish.lbx
File: polish.lbx 2022/07/12 v3.18b biblatex localization (PK/MW)
)
Package biblatex Info: Input encoding 'utf8' detected.
Package biblatex Info: Automatic encoding selection.
(biblatex) Assuming data encoding 'utf8'.
\openout3 = `main.bcf'.
Package biblatex Info: Trying to load bibliographic data...
Package biblatex Info: ... file 'main.bbl' not found.
No file main.bbl.
Package biblatex Info: Reference section=0 on input line 139.
Package biblatex Info: Reference segment=0 on input line 139.
\c@lstlisting=\count415
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/context/base/mkii/supp-pdf.mkii
[Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
\scratchcounter=\count416
\scratchdimen=\dimen167
\scratchbox=\box59
\nofMPsegments=\count417
\nofMParguments=\count418
\everyMPshowfont=\toks26
\MPscratchCnt=\count419
\MPscratchDim=\dimen168
\MPnumerator=\count420
\makeMPintoPDFobject=\count421
\everyMPtoPDFconversion=\toks27
) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/epstopdf-pkg/epstopdf-base.sty
Package: epstopdf-base 2020-01-24 v2.11 Base part for package epstopdf
Package epstopdf-base Info: Redefining graphics rule for `.eps' on input line 4
85.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/epstopdf-sys.cfg
File: epstopdf-sys.cfg 2010/07/13 v1.3 Configuration of (r)epstopdf for TeX Liv
e
))
(./modules/crispr.tex
! LaTeX Error: Lonely \item--perhaps a missing list environment.
See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type H <return> for immediate help.
...
l.2 \begin
{center}
?
Underfull \hbox (badness 10000) detected at line 2
[][]
[]
LaTeX Warning: Citation 'doudnaNewFrontierGenome2014' on page 1 undefined on in
put line 7.
LaTeX Font Info: External font `cmex10' loaded for size
(Font) <7> on input line 7.
LaTeX Font Info: External font `cmex10' loaded for size
(Font) <5> on input line 7.
LaTeX Warning: Citation 'jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012' on page 1 undef
ined on input line 17.
LaTeX Warning: Citation 'jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012' on page 1 undef
ined on input line 23.
LaTeX Warning: Citation 'montecilloCRISPRCas9SystemPlant2020' on page 1 undefin
ed on input line 41.
LaTeX Warning: Citation 'doudnaNewFrontierGenome2014' on page 1 undefined on in
put line 43.
)
LaTeX Font Info: Trying to load font information for T1+cmtt on input line 1
50.
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1cmtt.fd
File: t1cmtt.fd 2022/07/10 v2.5l Standard LaTeX font definitions
)
! Undefined control sequence.
\ESO@HookIIBG ->\BackgroundPic
l.150 \newpage
?
[1{/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}
] (./modules/bio.tex
! LaTeX Error: Lonely \item--perhaps a missing list environment.
See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type H <return> for immediate help.
...
l.3 \begin
{center}
?
Underfull \hbox (badness 10000) detected at line 3
[][]
[]
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
File: lstlang1.sty 2020/03/24 1.8d listings language file
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
File: lstlang1.sty 2020/03/24 1.8d listings language file
)
(/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
File: lstlang1.sty 2020/03/24 1.8d listings language file
) [2]) [3]
LaTeX Warning: Empty bibliography on input line 161.
(./main.aux)
LaTeX Warning: There were undefined references.
Package biblatex Warning: Please (re)run Biber on the file:
(biblatex) main
(biblatex) and rerun LaTeX afterwards.
Package logreq Info: Writing requests to 'main.run.xml'.
\openout1 = `main.run.xml'.
)
Here is how much of TeX's memory you used:
17843 strings out of 476091
331352 string characters out of 5794081
1989330 words of memory out of 5000000
38039 multiletter control sequences out of 15000+600000
518652 words of font info for 43 fonts, out of 8000000 for 9000
1141 hyphenation exceptions out of 8191
63i,11n,102p,673b,1626s stack positions out of 10000i,1000n,20000p,200000b,200000s
{/usr/share/texmf/fonts/enc/dvips/cm-super/cm-super-t1.enc}{/usr/share/texmf/
fonts/enc/dvips/cm-super/cm-super-ts1.enc}</usr/share/texmf/fonts/type1/public/
cm-super/sfbx1000.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfbx1440.pf
b></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sfrm0500.pfb></usr/share/texmf/
fonts/type1/public/cm-super/sfrm1000.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/c
m-super/sfti1000.pfb></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sftt0800.pfb
></usr/share/texmf/fonts/type1/public/cm-super/sftt1000.pfb>
Output written on main.pdf (3 pages, 193796 bytes).
PDF statistics:
54 PDF objects out of 1000 (max. 8388607)
33 compressed objects within 1 object stream
0 named destinations out of 1000 (max. 500000)
1 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)

BIN
doc/main.pdf
View File

Binary file not shown.

85
doc/main.run.xml
View File

@ -1,85 +0,0 @@
<?xml version="1.0" standalone="yes"?>
<!-- logreq request file -->
<!-- logreq version 1.0 / dtd version 1.0 -->
<!-- Do not edit this file! -->
<!DOCTYPE requests [
<!ELEMENT requests (internal | external)*>
<!ELEMENT internal (generic, (provides | requires)*)>
<!ELEMENT external (generic, cmdline?, input?, output?, (provides | requires)*)>
<!ELEMENT cmdline (binary, (option | infile | outfile)*)>
<!ELEMENT input (file)+>
<!ELEMENT output (file)+>
<!ELEMENT provides (file)+>
<!ELEMENT requires (file)+>
<!ELEMENT generic (#PCDATA)>
<!ELEMENT binary (#PCDATA)>
<!ELEMENT option (#PCDATA)>
<!ELEMENT infile (#PCDATA)>
<!ELEMENT outfile (#PCDATA)>
<!ELEMENT file (#PCDATA)>
<!ATTLIST requests
version CDATA #REQUIRED
>
<!ATTLIST internal
package CDATA #REQUIRED
priority (9) #REQUIRED
active (0 | 1) #REQUIRED
>
<!ATTLIST external
package CDATA #REQUIRED
priority (1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8) #REQUIRED
active (0 | 1) #REQUIRED
>
<!ATTLIST provides
type (static | dynamic | editable) #REQUIRED
>
<!ATTLIST requires
type (static | dynamic | editable) #REQUIRED
>
<!ATTLIST file
type CDATA #IMPLIED
>
]>
<requests version="1.0">
<internal package="biblatex" priority="9" active="1">
<generic>latex</generic>
<provides type="dynamic">
<file>main.bcf</file>
</provides>
<requires type="dynamic">
<file>main.bbl</file>
</requires>
<requires type="static">
<file>blx-dm.def</file>
<file>blx-compat.def</file>
<file>biblatex.def</file>
<file>standard.bbx</file>
<file>numeric.bbx</file>
<file>numeric.cbx</file>
<file>biblatex.cfg</file>
<file>polish.lbx</file>
</requires>
</internal>
<external package="biblatex" priority="5" active="1">
<generic>biber</generic>
<cmdline>
<binary>biber</binary>
<infile>main</infile>
</cmdline>
<input>
<file>main.bcf</file>
</input>
<output>
<file>main.bbl</file>
</output>
<provides type="dynamic">
<file>main.bbl</file>
</provides>
<requires type="dynamic">
<file>main.bcf</file>
</requires>
<requires type="editable">
<file>references.bib</file>
</requires>
</external>
</requests>

49
doc/main.tex
View File

@ -37,12 +37,21 @@
% \setlist[longenum,2]{label=\arabic*), nosep} % \setlist[longenum,2]{label=\arabic*), nosep}
% \setlist[longenum,3]{label=\alph*., nosep} % \setlist[longenum,3]{label=\alph*., nosep}
% \newlist{longenum}{enumerate}{5}
% \setlist[longenum,1]{label=\arabic*.}
% \setlist[longenum,2]{label=\arabic*)}
% \setlist[longenum,3]{label=\alph*.}
% \setlist[longenum,4]{label=\alph*)}
% \setlist[longenum,5]{label=--}
% Definiowanie nowego typu listy 'longenum' z pięcioma poziomami numeracji
\newlist{longenum}{enumerate}{5} \newlist{longenum}{enumerate}{5}
\setlist[longenum,1]{label=\arabic*., nosep} \setlist[longenum,1]{label=\arabic*., left=.5em}
\setlist[longenum,2]{label=\arabic*)} \setlist[longenum,2]{label=\arabic*), left=1.em}
\setlist[longenum,3]{label=\alph*.} \setlist[longenum,3]{label=\alph*., left=1.5em}
\setlist[longenum,4]{label=\alph*)} \setlist[longenum,4]{label=\alph*), left=2em}
\setlist[longenum,5]{label=--} \setlist[longenum,5]{label=--, left=3.5em}
% Pakiet do nagłówków i stopek % Pakiet do nagłówków i stopek
\usepackage{fancyhdr} \usepackage{fancyhdr}
@ -65,20 +74,6 @@
% Definicje kolorów % Definicje kolorów
\usepackage{xcolor} \usepackage{xcolor}
\definecolor{wzo}{rgb}{0.000, 0.502, 0.000} % intensywny zielony
\definecolor{szo}{rgb}{0.196, 0.803, 0.196} % limonkowy
\definecolor{pzo}{rgb}{0.235, 0.702, 0.443} % średni zielony
\definecolor{zoz}{rgb}{0.235, 0.702, 0.700} % średni zielony
\definecolor{stat}{rgb}{0.541, 0.169, 0.886} % fioletowy
\definecolor{kN}{rgb}{1.000, 0.647, 0.000} % pomarańczowy
\definecolor{uO}{rgb}{0.275, 0.514, 0.706} % niebieski
\definecolor{rO}{rgb}{0.0, 0.0, 0.5} % ciemno granatowy
\definecolor{uRODO}{rgb}{0.000, 0.502, 0.502} % teal
\definecolor{rRODO}{rgb}{0.125, 0.698, 0.667} % jasny teal
\definecolor{kor}{rgb}{1.0, 0.0, 0.0} % czerwony
\definecolor{zs}{rgb}{1.0, 0.0, 0.0} % Kolor Teal (lub dowolny wybrany kolor)
\definecolor{lightgray}{rgb}{0.70, 0.70, 0.70} \definecolor{lightgray}{rgb}{0.70, 0.70, 0.70}
@ -112,8 +107,6 @@
% Ustawienie stylu jako domyślnego % Ustawienie stylu jako domyślnego
\lstset{style=mystyle} \lstset{style=mystyle}
% Definicja nowej komendy \zs
\newcommand{\zs}{\textcolor{zs}{Zespół Szkół }}
% Wczytanie pliku z informacjami o commit % Wczytanie pliku z informacjami o commit
\input{commit.tex} \input{commit.tex}
@ -148,9 +141,21 @@
\label{sec:crispr} \label{sec:crispr}
\newpage \newpage
\input{modules/bio} \input{modules/arabidopsis}
\label{sec:bio} \label{sec:bio}
\newpage
\input{modules/alg}
\label{sec:bio}
\newpage
\input{modules/protocol}
\label{sec:protocol}
% \newpage
% \input{modules/bio}
% \label{sec:bio}
% \newpage % \newpage
% \input{modules/wymagania_edukacyjne} % Wczytaj zawartość pliku % \input{modules/wymagania_edukacyjne} % Wczytaj zawartość pliku
% \label{sec:wymagania_edukacyjne} % \label{sec:wymagania_edukacyjne}

52
doc/modules/alg.tex Normal file
View File

@ -0,0 +1,52 @@
\item
\begin{center}
\fbox{
\begin{minipage}{0.9\textwidth}
\textbf{Modyfikacja genetyczna poprawiająca odporność na suszę}.
\end{minipage}
}
\end{center}
\section*
\begin{longenum}
\item Wprowadzenie
\begin{longenum}
\item Stosowanie CRISPR w roślinach pozwala na precyzyjne wprowadzenie modyfikacji genetycznych, które mogą poprawić odporność na stresy abiotyczne, takie jak susza.
\item Zwiększenie odporności Arabidopsis na suszę mogłoby zostać osiągnięte przez ukierunkowaną modyfikację genów, które regulują odpowiedzi roślin na stres związany z niedoborem wody.
\end{longenum}
\item Cel modyfikacji
\begin{longenum}
\item **Nadekspresja genu DREB1A**:
\begin{longenum}
\item Gen DREB1A koduje czynnik transkrypcyjny, który aktywuje ekspresję genów odpowiedzialnych za ochronę komórek przed odwodnieniem.
\item Wzmożona ekspresja DREB1A prowadzi do zwiększenia aktywności szlaków odpowiedzi na stres suszy, co może poprawić zdolność rośliny do przetrwania w warunkach niskiej wilgotności.
\end{longenum}
\item **Edytowanie sekwencji promotora RD29A**:
\begin{longenum}
\item Promotor RD29A może być zmodyfikowany, aby zwiększyć ekspresję genu podczas stresu związanego z odwodnieniem.
\item Poprzez edycję sekwencji regulatorowej z wykorzystaniem CRISPR, można zwiększyć indukowaną ekspresję genu RD29A, co wzmocni odpowiedź na suszę.
\end{longenum}
\end{longenum}
\item Przykładowa modyfikacja z użyciem CRISPR-Cas9
\begin{longenum}
\item **Ukierunkowanie CRISPR na sekwencję promotora DREB1A**:
\begin{longenum}
\item Wykorzystując CRISPR-Cas9, można wprowadzić mutację do sekwencji promotora DREB1A, która spowoduje nadekspresję genu.
\item Wprowadzenie sekwencji regulatorowej, która zwiększa ekspresję, może uczynić roślinę bardziej odporną na odwodnienie poprzez szybsze i bardziej efektywne uruchamianie mechanizmów obronnych.
\end{longenum}
\item **Zmiana w sekwencji genowej NHX1**:
\begin{longenum}
\item Modyfikacja sekwencji kodującej gen NHX1 może zwiększyć wydajność białka transportującego jony, co pomoże lepiej regulować ciśnienie osmotyczne w komórkach.
\item Dzięki tej zmianie, Arabidopsis będzie lepiej radzić sobie z niedoborem wody, utrzymując stabilne funkcje komórkowe w warunkach stresu suszy.
\end{longenum}
\end{longenum}
\item Przewidywane korzyści z modyfikacji
\begin{longenum}
\item **Zwiększona tolerancja na suszę**: Modyfikacje genów takich jak DREB1A, RD29A oraz NHX1 poprawią zdolność Arabidopsis do przetrwania w warunkach niskiej dostępności wody, dzięki lepszej regulacji procesów adaptacyjnych.
\item **Zachowanie wzrostu i rozwoju w warunkach stresowych**: Dzięki wzmocnionej odpowiedzi na suszę, rośliny będą mogły utrzymać normalny wzrost i rozwój, co jest kluczowe dla rolnictwa w regionach o ograniczonych zasobach wodnych.
\end{longenum}
\end{longenum}

65
doc/modules/arabidopsis.tex Normal file
View File

@ -0,0 +1,65 @@
\item
\begin{center}
\fbox{
\begin{minipage}{0.9\textwidth}
\textbf{Arabidopsis jako roślina modelowa}
\end{minipage}
}
\end{center}
\section*
\begin{longenum}
\item Dlaczego Arabidopsis jest rośliną modelową?
\begin{longenum}
\item \textbf{Genom mały i dobrze poznany}: Arabidopsis thaliana była pierwszą rośliną, której pełny genom został zsekwencjonowany. Dzięki niewielkiemu genomowi (około 135 Mb) oraz dużej liczbie dostępnych narzędzi genetycznych, jest idealnym modelem do badań nad genetyką roślin.
\item \textbf{Krótki cykl życiowy}: Arabidopsis ma szybki cykl życiowy (około 6 tygodni od nasion do nasion), co pozwala na szybkie prowadzenie badań i eksperymentów.
\item \textbf{Łatwość manipulacji genetycznych}: Dzięki liczbie dostępnych mutantów, linii transgenicznych oraz technik takich jak CRISPR, Arabidopsis jest świetnym systemem modelowym do badania funkcji genów.
\end{longenum}
\item Bazy danych do analizy genów Arabidopsis
\begin{longenum}
\item \textbf{TAIR (The Arabidopsis Information Resource)}:
\begin{longenum}
\item Największa baza danych zawierająca informacje o genomie Arabidopsis, sekwencjach genów, mutantach oraz ich funkcjach.
\item Można wyszukiwać specyficzne geny oraz przeglądać informacje dotyczące ekspresji genów, fenotypów oraz publikacji.
\end{longenum}
\item \textbf{ATTED-II}:
\begin{longenum}
\item Baza danych powiązań genetycznych oparta na współekspresji genów w różnych warunkach.
\item Może być używana do identyfikacji genów związanych z odpowiedzią na stresy środowiskowe, takie jak susza.
\end{longenum}
\item \textbf{ARaport}:
\begin{longenum}
\item Narzędzie do analizowania i wizualizowania profili ekspresji genów Arabidopsis.
\item Umożliwia analizę genów aktywowanych w odpowiedzi na różne czynniki stresowe.
\end{longenum}
\item \textbf{Gene Ontology (GO)}:
\begin{longenum}
\item Baza danych klasyfikacji funkcji genów, która pomaga w identyfikacji i analizie genów odpowiedzialnych za określone procesy biologiczne, takie jak odporność na stresy abiotyczne.
\end{longenum}
\end{longenum}
\item Geny Arabidopsis związane z odpornością na suszę
\begin{longenum}
\item \textbf{DREB1A (Dehydration-Responsive Element-Binding Protein 1A)}:
\begin{longenum}
\item Gen kodujący czynnik transkrypcyjny, który reguluje ekspresję wielu genów odpowiedzi na stres, w tym suszę.
\item Wzmacnia odporność na suszę poprzez aktywowanie ścieżek sygnałowych odpowiedzi na niedobór wody.
\end{longenum}
\item \textbf{RD29A (Response to Dehydration 29A)}:
\begin{longenum}
\item Jeden z głównych genów markerowych dla stresu suszy, regulowany przez DREB1A.
\item Jego ekspresja jest indukowana przez stres związany z odwodnieniem oraz niską temperaturą.
\end{longenum}
\item \textbf{NHX1 (Sodium/Hydrogen Exchanger 1)}:
\begin{longenum}
\item Gen kodujący białko transportujące jonów, które pomaga w utrzymaniu homeostazy jonowej w warunkach suszy.
\item Jego nadekspresja poprawia zdolność rośliny do przetrwania suszy poprzez zwiększenie magazynowania jonów i regulację ciśnienia osmotycznego.
\end{longenum}
\item \textbf{P5CS1 (Δ1-Pyrroline-5-Carboxylate Synthetase 1)}:
\begin{longenum}
\item Kluczowy enzym w syntezie proliny, aminokwasu pełniącego rolę osmolitu, który pomaga roślinom przetrwać stres związany z odwodnieniem.
\item Wyższy poziom proliny w komórkach poprawia tolerancję na suszę.
\end{longenum}
\end{longenum}
\end{longenum}

63
doc/modules/crispr.tex
View File

@ -7,38 +7,35 @@
} }
\end{center} \end{center}
\vspace{1cm} \vspace{.5cm}
\textbf{Główne komponenty CRISPR:} \begin{longenum}
\begin{itemize} \item Jak działa CRISPR?
\item \textbf{Białko Cas9:} \begin{longenum}
\begin{itemize} \item CRISPR działa w połączeniu z enzymem Cas9, który działa jako "nożyczki" tnące DNA. System działa w kilku etapach:
\item Enzym, który przecina DNA. \begin{longenum}
\item Rozpoznaje specyficzne miejsca w genomie. \item \textbf{Rozpoznanie celu}: CRISPR używa krótkiego odcinka RNA (gRNA - guide RNA), który jest komplementarny do docelowej sekwencji DNA. RNA prowadzi enzym Cas9 do odpowiedniego miejsca w genomie.
\item Działa jak molekularne nożyczki \cite{jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012}. \item \textbf{Cięcie DNA}: Po dotarciu do docelowej sekwencji, Cas9 przecina dwie nici DNA, tworząc przerwę.
\end{itemize} \item \textbf{Naprawa DNA}: Komórki próbują naprawić uszkodzoną sekwencję DNA, co może skutkować wprowadzeniem mutacji lub dodaniem nowego genu.
\item \textbf{Przewodnik RNA (gRNA):} \end{longenum}
\begin{itemize} \end{longenum}
\item Krótki fragment RNA.
\item Prowadzi białko Cas9 do docelowego DNA.
\item Wiąże się z wybraną sekwencją DNA \cite{jinekProgrammableDualRNAGuidedDNA2012}.
\end{itemize}
\end{itemize}
\vspace{1cm} \vspace{0.5cm}
\textbf{Zastosowania CRISPR:} \item Zastosowania CRISPR
\begin{itemize} \begin{longenum}
\item Modyfikacja genów: \item CRISPR ma szerokie zastosowania w różnych dziedzinach:
\begin{itemize} \begin{longenum}
\item Knock-out genów (wyłączenie funkcji genu). \item \textbf{Biotechnologia}: Edycja genów roślin, aby poprawić ich odporność na choroby, suszę, czy zwiększyć plony.
\item Wprowadzenie mutacji. \item \textbf{Medycyna}: Potencjalne terapie genowe do leczenia chorób dziedzicznych, takich jak mukowiscydoza czy anemia sierpowata.
\item Zmiana sekwencji DNA. \item \textbf{Badania naukowe}: Badania nad funkcją genów i modelowanie chorób genetycznych.
\end{itemize} \end{longenum}
\end{itemize} \end{longenum}
\vspace{0.5cm}
\item Przykład w kontekście Arabidopsis
\begin{longenum}
\item CRISPR może być użyty do wprowadzenia modyfikacji w genach Arabidopsis odpowiedzialnych za reakcje na stres suszy.
\item Można zaprojektować gRNA, aby wycelować w specyficzne geny regulujące tolerancję na suszę, a następnie użyć CRISPR do knock-out lub zmodyfikowania tych genów w celu poprawienia adaptacji roślin do warunków niedoboru wody.
\item Dzięki CRISPR można tworzyć bardziej odporne odmiany roślin, co ma znaczący wpływ na rolnictwo, zwłaszcza w obliczu zmian klimatycznych.
\end{longenum}
\end{longenum}
\vspace{1cm}
\textbf{Przykłady zastosowań:}
\begin{itemize}
\item Zwiększenie odporności roślin na suszę \cite{montecilloCRISPRCas9SystemPlant2020}.
\item Poprawa cech rolniczych zwierząt.
\item Terapia genowa u ludzi \cite{doudnaNewFrontierGenome2014}.
\end{itemize}

29
doc/references.bib
View File

@ -51,3 +51,32 @@
langid = {english}, langid = {english},
file = {/home/user/Zotero/storage/JJPA5C9W/Montecillo et al. - 2020 - CRISPR-Cas9 System for Plant Genome Editing Current Approaches and Emerging Developments.pdf} file = {/home/user/Zotero/storage/JJPA5C9W/Montecillo et al. - 2020 - CRISPR-Cas9 System for Plant Genome Editing Current Approaches and Emerging Developments.pdf}
} }
@article{source56,
author = {TAIR Database},
title = {Gene information for DREB1A (AT4G25480)},
year = {2024},
url = {https://uat.arabidopsis.org/servlets/TairObject?type=locus&name=At4g25480}
}
@article{source57,
author = {Phytozome},
title = {Gene report for AT4G25480 - Arabidopsis thaliana},
year = {2024},
url = {https://phytozome-next.jgi.doe.gov/report/gene/Athaliana_TAIR10/AT4G25480}
}
@article{source58,
author = {UniProt},
title = {DREB1A Protein Information},
year = {2024},
url = {https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q9M0L0/entry}
}
@article{source59,
author = {Ensembl Genomes},
title = {Gene summary: DREB1A (AT4G25480)},
year = {2024},
url = {https://plants.ensembl.org/Arabidopsis_thaliana/Gene/Summary?g=AT4G25480}
}