From 04ef28e78096ce54a381c2b95397c9599f2bab11 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: baiobelfer Date: Wed, 23 Oct 2024 19:08:00 +0200 Subject: [PATCH] update --- README | 0 py/0.py | 32 + py/1.py | 24 + py/2.py | 47 + py/3.py | 68 + py/4.py | 83 + py/fasta/arabidopsis_genome.fasta | 2576 +++++++++++++++++++++++++++++ 7 files changed, 2830 insertions(+) create mode 100644 README create mode 100644 py/0.py create mode 100644 py/1.py create mode 100644 py/2.py create mode 100644 py/3.py create mode 100644 py/4.py create mode 100644 py/fasta/arabidopsis_genome.fasta diff --git a/README b/README new file mode 100644 index 0000000..e69de29 diff --git a/py/0.py b/py/0.py new file mode 100644 index 0000000..6a064bd --- /dev/null +++ b/py/0.py @@ -0,0 +1,32 @@ +from Bio import Entrez, SeqIO + +# Ustaw swój adres e-mail (wymagany przez NCBI) +Entrez.email = "your_email@example.com" + +def download_genome(genome_id, file_name): + """ + Pobierz sekwencję genomu z NCBI i zapisz ją jako plik FASTA. + + Parameters: + genome_id (str): ID genomu w bazie NCBI. + file_name (str): Nazwa pliku, do którego zostanie zapisana sekwencja. + """ + try: + # Pobierz rekord z bazy danych NCBI + with Entrez.efetch(db="nucleotide", id=genome_id, rettype="fasta", retmode="text") as handle: + genome_seq = SeqIO.read(handle, "fasta") + + # Zapisz rekord do pliku FASTA + with open(file_name, "w") as output_handle: + SeqIO.write(genome_seq, output_handle, "fasta") + + print(f"Genom zapisany do pliku: {file_name}") + + except Exception as e: + print(f"Wystąpił błąd: {e}") + +# Przykład użycia +genome_id = "NC_000932" # Przykładowe ID genomu (np. Arabidopsis thaliana chloroplast) +file_name = "arabidopsis_genome.fasta" +download_genome(genome_id, file_name) + diff --git a/py/1.py b/py/1.py new file mode 100644 index 0000000..20507bc --- /dev/null +++ b/py/1.py @@ -0,0 +1,24 @@ +from Bio import SeqIO +from Bio.Seq import Seq + +# Załaduj sekwencje genów z pliku FASTA +def load_sequences(file_path): + return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta")) + +# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG") +def find_crispr_sites(sequence): + pam = "NGG" + sites = [] + for i in range(len(sequence) - 23): + target = sequence[i:i+20] + pam_site = sequence[i+20:i+23] + if pam_site.endswith("GG"): + sites.append(target + pam_site) + return sites + +# Przykład użycia +genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta") +for gene in genes: + print(f"Gene ID: {gene.id}") + crispr_sites = find_crispr_sites(str(gene.seq)) + print(f"Potential CRISPR sites: {crispr_sites[:5]}") # wyświetl tylko 5 pierwszych diff --git a/py/2.py b/py/2.py new file mode 100644 index 0000000..edfa0b2 --- /dev/null +++ b/py/2.py @@ -0,0 +1,47 @@ +def print_crispr_target(gene_sequence, gRNA, pam, gRNA_position): + # Długości sekwencji gRNA i PAM + gRNA_length = len(gRNA) + pam_length = len(pam) + + # Zbuduj schemat tekstowy + dna_display = list(gene_sequence) + gRNA_end = gRNA_position + gRNA_length + pam_start = gRNA_end + pam_end = pam_start + pam_length + + # Upewnij się, że PAM mieści się w sekwencji DNA + if pam_end > len(gene_sequence): + print("Error: PAM nie mieści się w sekwencji DNA. Sprawdź pozycję gRNA i długość sekwencji.") + return + + # Oznaczenie gRNA w konsoli + for i in range(gRNA_position, gRNA_end): + dna_display[i] = dna_display[i].lower() # Zaznacz gRNA (małe litery) + + # Oznaczenie PAM w konsoli + for i in range(pam_start, pam_end): + dna_display[i] = dna_display[i].upper() # Zaznacz PAM (wielkie litery) + + # Utwórz linię z końcami 5' i 3' + sequence_line = ''.join(dna_display) + + # Generuj znaczniki dla orientacji gRNA i PAM + marker_line = ' ' * gRNA_position + '^' * gRNA_length + ' ' * (pam_start - gRNA_end) + 'PAM' + + # Wyświetl wyniki + print("Sense Strand (5' to 3'):") + print(f"5' {sequence_line} 3'") + print(f" {marker_line}") + print("\nComplementary Strand (3' to 5'):") + complement = gene_sequence.translate(str.maketrans("ATGC", "TACG"))[::-1] + print(f"3' {complement} 5'") + +# Przykładowe dane +gene_sequence = "ATGCGGCTAGCGACGGGAATTGAACCCGCGATGG" +gRNA = "GACGGGAATTGAACCCGCGA" # 20 nt +pam = "TGG" # PAM (NGG) +gRNA_position = 12 # Gdzie w sekwencji zaczyna się gRNA + +# Wywołanie funkcji +print_crispr_target(gene_sequence, gRNA, pam, gRNA_position) + diff --git a/py/3.py b/py/3.py new file mode 100644 index 0000000..dfb3024 --- /dev/null +++ b/py/3.py @@ -0,0 +1,68 @@ +from Bio import Entrez, SeqIO +from Bio.Seq import Seq + +# Ustaw swój adres e-mail (wymagany przez NCBI) +Entrez.email = "your_email@example.com" + +# Funkcja do pobierania szczegółów genu +def get_gene_info(gene_id): + try: + # Pobierz adnotacje genowe z NCBI + handle = Entrez.efetch(db="gene", id=gene_id, retmode="xml") + records = Entrez.read(handle) + + # Wyciągnij podstawowe informacje + gene_name = records[0]["Entrezgene_gene"]["Gene-ref"]["Gene-ref_locus"] + summary = records[0]["Entrezgene_summary"] + chromosome = records[0]["Entrezgene_source"]["BioSource"]["BioSource_subtype"][0]["SubSource_name"] + exon_count = len(records[0]["Entrezgene_locus"][0]["Gene-commentary_seqs"]) + + # Wyświetl podstawowe informacje o genie + print(f"Nazwa genu: {gene_name}") + print(f"Opis: {summary}") + print(f"Chromosom: {chromosome}") + print(f"Liczba eksonów: {exon_count}") + + except Exception as e: + print(f"Wystąpił błąd podczas pobierania informacji o genie: {e}") + +# Funkcja do załadowania sekwencji genów z pliku FASTA +def load_sequences(file_path): + return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta")) + +# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG") w określonym regionie +def find_crispr_sites_in_region(sequence, start, end): + pam = "NGG" + sites = [] + + # Ogranicz przeszukiwanie do wybranego regionu + target_region = sequence[start:end] + + for i in range(len(target_region) - 23): + target = target_region[i:i+20] + pam_site = target_region[i+20:i+23] + if pam_site.endswith("GG"): + # Zapisz pełną sekwencję wraz z lokalizacją w genomie + sites.append((start + i, target + pam_site)) + + return sites + +# Przykład użycia +gene_id = "835067" # Przykładowe ID genu (należy zastąpić rzeczywistym ID odpornego na suszę genu) +get_gene_info(gene_id) + +# Zakładamy, że sekwencja DNA jest już wczytana do pliku FASTA +genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta") + +# Przykładowe pozycje startowe i końcowe genu odpowiedzialnego za odporność na suszę +start_position = 1000 # przykładowa pozycja początkowa +end_position = 2000 # przykładowa pozycja końcowa + +for gene in genes: + print(f"\nGene ID: {gene.id}") + crispr_sites = find_crispr_sites_in_region(str(gene.seq), start_position, end_position) + + # Wyświetl tylko 5 pierwszych wyników, wraz z ich pozycją w sekwencji DNA + for pos, site in crispr_sites[:5]: + print(f"Position: {pos}, CRISPR site: {site}") + diff --git a/py/4.py b/py/4.py new file mode 100644 index 0000000..fa4ec30 --- /dev/null +++ b/py/4.py @@ -0,0 +1,83 @@ +from Bio import Entrez, SeqIO +from Bio.Seq import Seq +from termcolor import colored + +# Ustaw swój adres e-mail (wymagany przez NCBI) +Entrez.email = "baiobelfer@gmail.com" + +# Funkcja do pobierania szczegółów genu +def get_gene_info(gene_id): + try: + # Pobierz adnotacje genowe z NCBI + handle = Entrez.efetch(db="gene", id=gene_id, retmode="xml") + records = Entrez.read(handle) + + # Wyciągnij podstawowe informacje + gene_ref = records[0]["Entrezgene_gene"]["Gene-ref"] + gene_name = gene_ref.get("Gene-ref_locus", "Brak danych") + summary = records[0].get("Entrezgene_summary", "Brak opisu") + + chromosome = "Brak danych" + if "BioSource" in records[0]["Entrezgene_source"]: + chromosome_data = records[0]["Entrezgene_source"]["BioSource"]["BioSource_subtype"] + if chromosome_data: + chromosome = chromosome_data[0].get("SubSource_name", "Brak danych") + + exon_count = len(records[0].get("Entrezgene_locus", [])) + + # Wyświetl podstawowe informacje o genie + print(f"Nazwa genu: {gene_name}") + print(f"Opis: {summary}") + print(f"Chromosom: {chromosome}") + print(f"Liczba eksonów: {exon_count}") + + except Exception as e: + print(f"Wystąpił błąd podczas pobierania informacji o genie: {e}") + +# Funkcja do załadowania sekwencji genów z pliku FASTA +def load_sequences(file_path): + return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta")) + +# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG") w określonym regionie +def find_crispr_sites_in_region(sequence, start, end): + pam = "NGG" + sites = [] + + # Ogranicz przeszukiwanie do wybranego regionu + target_region = sequence[start:end] + + for i in range(len(target_region) - 23): + target = target_region[i:i+20] + pam_site = target_region[i+20:i+23] + if pam_site.endswith("GG"): + # Zapisz pełną sekwencję wraz z lokalizacją w genomie + sites.append((start + i, target + pam_site)) + + return sites + +# Funkcja do kolorowania wyjścia +def print_colored_crispr_sites(sites): + for pos, site in sites: + gRNA = colored(site[:20], 'blue') # Sekwencja gRNA na niebiesko + pam = colored(site[20:], 'red', attrs=['bold']) # PAM na czerwono i pogrubione + print(f"Position: {pos}, CRISPR site: {gRNA}{pam}") + +# Przykład użycia +# Zmieniamy na ID genu "DREB2A" odpowiedzialnego za odporność na suszę w Arabidopsis +gene_id = "355350790" # Przykładowe ID genu DREB2A z NCBI +get_gene_info(gene_id) + +# Zakładamy, że sekwencja DNA jest już wczytana do pliku FASTA +genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta") + +# Przykładowe pozycje startowe i końcowe genu odpowiedzialnego za odporność na suszę +start_position = 1000 # przykładowa pozycja początkowa +end_position = 2000 # przykładowa pozycja końcowa + +for gene in genes: + print(f"\nGene ID: {gene.id}") + crispr_sites = find_crispr_sites_in_region(str(gene.seq), start_position, end_position) + + # Wyświetl tylko 5 pierwszych wyników, wraz z ich pozycją w sekwencji DNA i kolorowaniem + print_colored_crispr_sites(crispr_sites[:5]) + diff --git a/py/fasta/arabidopsis_genome.fasta b/py/fasta/arabidopsis_genome.fasta new file mode 100644 index 0000000..f356010 --- /dev/null +++ b/py/fasta/arabidopsis_genome.fasta @@ -0,0 +1,2576 @@ +>NC_000932.1 Arabidopsis thaliana chloroplast, complete genome +ATGGGCGAACGACGGGAATTGAACCCGCGATGGTGAATTCACAATCCACTGCCTTAATCC +ACTTGGCTACATCCGCCCCTACGCTACTATCTATTCTTTTTTGTATTGTCTAAAAAAAAA +AAAAAATACAAATTTCAATAAAAAATAAAAAAAGGTAGCAAATTCCACCTTATTTTTTTT +CTAATAAAAAATATATAGTAATTTTTTATTATTTATTATTATTATTTATTATTAATATAA +TAAATAAAGTAAAATATGATACTCTATAAAAATTTGCTCATTTTTATAGAAAAAAACGAG +TAATATAAGCCCTCTTTCTTATTTAAAGAAGGCTTATATTGCTCGTTTTTTACTAAACTA +GATCTAGACTAACACTAACGAATTATCCATTTGTAGATGGAGCCTCAACAGCAGCTAGGT +CTAGAGGGAAGTTGTGAGCATTACGTTCATGCATAACTTCCATACCAAGGTTAGCACGGT +TAATAATATCAGCCCAAGTATTAATAACACGTCCTTGACTATCAACTACTGATTGGTTGA +AATTGAAACCATTTAGGTTGAAAGCCATAGTACTAATACCTAAAGCAGTAAACCAAATAC +CTACTACCGGCCAAGCCGCTAAGAAGAAATGTAAAGAACGAGAATTGTTGAAACTAGCAT +ATTGGAAAATCAATCGGCCAAAATAACCGTGAGCAGCTACAATGTTGTAAGTTTCTTCTT +CTTGCCCGAATCTGTAACCTTCATTAGCAGATTCATTTTCTGTGGTTTCCCTGATCAAAC +TAGAAGTTACCAAGGAACCATGCATAGCACTAAAAAGGGAGCCGCCGAATACACCAGCTA +CACCTAACATGTGAAATGGGTGCATAAGAATGTTGTGCTCAGCCTGGAATACAATCATAA +AGTTGAAAGTACCAGAGATTCCTAGAGGCATACCATCAGAAAAACTTCCCTGACCAATTG +GATAGATCAAGAAAACAGCAGTCGCAGCTGCAACAGGAGCTGAATATGCAACAGCAATCC +AAGGACGCATACCCAGACGGAAACTAAGTTCCCACTCACGACCCATATAACAAGCTACAC +CAAGTAAAAAGTGTAGAACAATTAGTTCATAAGGACCGCCGTTGTATAGCCATTCATCAA +CGGATGCAGCTTCCCAGATTGGGTAAAAATGCAATCCAATAGCTGCAGAAGTAGGAATAA +TGGCACCGGAAATAATATTGTTTCCGTAAAGAAGAGATCCAGAAACAGGTTCACGAATAC +CATCAATATCTACTGGAGGAGCAGCAATGAATGCGATAATAAAAACAGAAGTTGCGGTCA +ATAAGGTAGGGATCATCAAAACACCAAACCATCCAATGTAAAGACGGTTTTCAGTGCTAG +TTATCCAGTTACAGAAGCGACCCCATAGGCTTTCGCTTTCGCGTCTCTCTAAAATTGCAG +TCATGGTAAAATCCTTGGTTTATTTAATAATCAGGGACTCCCAAGCGCACAAATTCTCTA +AGTAGATAATTGAGAGCTTGTTATGAAACAGTATAACATGACTTATATAGCCATGTCAAC +CAATGTAAAATGGATAAGATCCTTTTAGTTTAGATTCATAAAAAATTTTTTGTAATCGAT +GAAATAAATTAGAAGCGAATCCACATACATAGAAATAGAATTGCTCTAGGAATATTTTTT +CCAAATCATATGAATACGATTGAATACGATCCGTAGTGGGTTGCCCGGGACTCGAACCCG +GAACTAGTCGGATGGAGTAGATAATCTCCTTGTTAAAATGAAAAAAAAAAGGTAAAAAAC +CCCTCCCCAAACCGTGCTTGCATTTTTCATTGCACACAGCTTTCTCTATGTATACATAGA +AAACTCAATTTCTTTGGTTCCTTATAAATAGGACTCCAAATTCAATACTCAGTAAATTTA +ATCGTAGTCTTACTGTATGAACATTTAATAATAGAAATAAAGCACTTTTGATAATAAAAA +ATAATTGATTTTTTTTGTTATCTCTGCATAAATTTTAATAAATTTCGATTTCATTTATGG +GGTCTCAGAACCCAATTATTCATGATTGACCAAATCATTAAGATAAAGAATATCCAAATA +CCAAATTCGCACTCGATATAATCTTTTAGAAGCATAATAACTTCTTGGGAAGATTAAAGA +AAGAACTTGGTCTTCCCCCGTAAGGAATTCTTCCAATAAACCAGAGCCCAACCTTTTTAA +AAAAGTGCGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAGCCAAAGTTTTAACACAACAAAGACGAAG +TATATATTTTATTCGATACAAATTCTTTTTTTTTGAAGATCCGCTGTAATAATGAGAAAT +ATTTCTGCATATCCGCACAAATCGGTTGAGAATATCAGAATCTGATGAATCCGTCCAGGT +TGCTTTACTAATGGGATGCCCTAATACATTACAAAATTTATCTTTAGCCAACGATCCAAT +AATAGAAGAAATTGGAATTTTGCTATCCAATTTGATTCTAACATTATCTATTAGAAATGA +GTTTTCTAGCATTTGACTACGTACCACTAAAGGGTTTAATCGCAAACTTGACAGATAACC +CAGAAACTCTAAATTATCTTTAGATAATTGATTTATATTGACCTTTTGCGATTGAAACCA +TACCGAAAAATAACATTGCCATAAATTAACAAAATAATATTTCCATTTATTCATCAGAAG +CGGCGTATCCTTTGTTGCCAGAATGCATCTTCCGTGATATCTAACATAATGTATGAAAGG +ATCCTTGAGCAACCCTAGGATTGCCGGAAAATTATTAACAAAAACTTTGAAAAAATGGTG +TATTTTTCCATAGAATACAATTCGCTCAAAAAGGACTTCATAAGATGTCGATCGTAAATG +CGAAGACCGCTTGCGTAGAAAAAAAAAGATGGATTCGTATTCACATACATGAGAATTATA +TAAGAACAAGAAAAATCTTGGATTCAAAATTGATTTTTTTTTAATATAAAAATTCTTCCA +ATTACAATACTCGTATAAACAGAACCGAAAAAAATGCAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCG +GTAACGTAGGGTTTGAACCAAGATTTCTAGATGGATGGGGTAAGGTATTAGTACATCTAA +CACATAATTAAAATGTCCTAATTTGTCTTCTAAAAAGGGAAATATTGAATGAATTGATTG +TAAATTATAAGATTTTTTTAATTGTTTTCCTTGAAAAGAGGATCCTAATCTTAGGGAAAA +TGGAATTTCGACAATCACTGCAAATAAAACAGATATCATTTGATAATAGAAAAGACTGGT +ATGCCCCAAAAAGGAATTTTGGTTCACATCCTTAGTGGGAATAATCAAACGATTCTGTTC +ATACATTCGCAAAATTAAGCGTTTCGTAATTAGTGAACTATATTTTTTGTCATAATCCGC +ATTTTCCAAGAAAATATAGCGATTTCTATTTAATCTATTTAAACCATGATCATAAGCAAG +TACATAAATATACTCCCGAAAAAAAAGTGGATATAGAAAACTCTGTTGCCGAGCCCCATC +GAACTCTAAATATCCTTGAAATTTATCCATTTGGATTGAAATTCGATTTGAACTGAAGGT +AAAGTCTTTATTTTCTTGAGTTCTGAAATGACACATAGTGCGATACAGTCAAAATAAGGT +ATTAGACTACGAAAGCTATAGATATAGATACCTCATAAACAGGTAGACTGCTAACCGGAT +TCTCTATCTTTAATAGGTTTCTGTTCGTTATATTATAGAATAACAAAACAAGATTATTAG +AAATCCTTTATTTTTTTAACCTAATCGCTCTTTTGATTTTGGAAATATATATATTTTTTA +TCAATATACTGCTTCTTTTACACACTCCAACCTAATCCAAATGGACTAGTTAAAACAATA +ATTAGGACTCATGAAAAAATTGATAATAACACGCAAGAAAAAAATGCCTTCCCATACCCG +TATTAGGCACTAATCTATTTTTAACATTTAATTAGTTGGGGTAATTTTTCAAATTACGAA +TGGAAGCTCGTTTCTTTTTTTTTCCTGGAATAAGGAAAACTGGTTTTTTTATCCATCCAT +TTATATTTATTCACTTGACCCAAATTGGAATTCTTTTTTTTTTTTCGACATCAAAATAAG +ATTGTACCGATCAGGAAAGCAAAAAAAAATGTTATCTGAATTCTCCCTTGATACGACATG +CTATTTTTTCCATTCATTCCTTTCAGGATCAGTCGTGGTCTTACAAACTCTACCGCAGAT +CTGGACGAATCCTTTTCTTCATACAAATGTGTAAAAGATGCTAGTCGCACTTAAAAGCCG +AGTACTCTACCGTTGAGTTAGCAACCCCCCCCAAAAAAAAAAGAACGTACTGCAAATATG +TAGATACAATCAGAATAAAGAAAAAAATACAGTCGTGTGTGCGTCAGGGATAAATAGATC +CATTTATCTATGAGAGAATTATATTTGGTCCATACACTGTTGTCAATATGATTATGAATT +TTTCATATAGTCAAAAGAATAGAAAAAATAAATAAATAAAAAAGCTTAACCTCTTGGTTC +ATTAGTTCATACAATGAATGAAAACTAAGCCAGTTCCAGTTAAGGTAATCTCAAATCTTT +TTATACTTTTTAGATCCATTTTTTTTATGGCCTTTAATTTTTTATTTTTTTATGATGAAG +AAATTATTCATAATAATATAATATTATTATAATATAATAATATATATATATTTTTTTTTA 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+GTTGCCTTACCGCTTGGCTACGCCCCATTTCGCTTTTTATTCAAGACTACTAAAAGAGTA +ATATTCCTATTGGTTGTTCGTCAATTCAAAATGAAATATAGATTACATTGGTGCTAAAGT +TTTAACACGTGTAGATAGCAAATAAAACTTACTTTATTGATCATTACATAGAATTCAATT +AAGATATTGTATGAAAATATTATTTCTTTCATTCTCATAAGAGAATAAAAGGATTTTTGA +TTGAGTAAGTTCAACAAAGTCTTTTTAGACTATCTTTCTTTATTTTTTCCTTATATAAAA +AATATATTAAAAACTCAATCAAAATTAAATTATCCACAAGAACACCAATTTTTGTTATGC +TTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACTTTTT +TAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATGCCCG +TAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTTCGAT +AAAATTCTTAATACTGTCTTAAACAAATTCACGATTTTGATTTTTCCAACAATTCAAAAG +ATCCAAAAAATCTTGACGTATGAACGAACTCTCAATTCAAACATTTAATTTTTTTGGTAG +CCATACTAAATCTGGATCATTTCTATTTCCTAAATTTTATCCTCTTTTCCCTAAATGAAA +GAACCTAATTAGATTCAAGTTCACCAAAAAAATATCTAGATGTTGGTATGCAAATCTGTT +TGAATATGAAAGATTCGACTATTATCTTAATTACAAATAACTTTCTGAAACCTTTTTTTT +TATTGGTATCAAAATTAGATATTTGATATAAAAATAGAGAATCTATTCTCTTTTTTTTTA +GTAAGATCTTGGAGATTGTGTAATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTAT 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