update

py/0.py

@@ -0,0 +1,32 @@
+from Bio import Entrez, SeqIO
+
+# Ustaw swój adres e-mail (wymagany przez NCBI)
+Entrez.email = "your_email@example.com"
+
+def download_genome(genome_id, file_name):
+    """
+    Pobierz sekwencję genomu z NCBI i zapisz ją jako plik FASTA.
+    
+    Parameters:
+    genome_id (str): ID genomu w bazie NCBI.
+    file_name (str): Nazwa pliku, do którego zostanie zapisana sekwencja.
+    """
+    try:
+        # Pobierz rekord z bazy danych NCBI
+        with Entrez.efetch(db="nucleotide", id=genome_id, rettype="fasta", retmode="text") as handle:
+            genome_seq = SeqIO.read(handle, "fasta")
+        
+        # Zapisz rekord do pliku FASTA
+        with open(file_name, "w") as output_handle:
+            SeqIO.write(genome_seq, output_handle, "fasta")
+        
+        print(f"Genom zapisany do pliku: {file_name}")
+    
+    except Exception as e:
+        print(f"Wystąpił błąd: {e}")
+
+# Przykład użycia
+genome_id = "NC_000932"  # Przykładowe ID genomu (np. Arabidopsis thaliana chloroplast)
+file_name = "arabidopsis_genome.fasta"
+download_genome(genome_id, file_name)
+

py/1.py

@@ -0,0 +1,24 @@
+from Bio import SeqIO
+from Bio.Seq import Seq
+
+# Załaduj sekwencje genów z pliku FASTA
+def load_sequences(file_path):
+    return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta"))
+
+# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG")
+def find_crispr_sites(sequence):
+    pam = "NGG"
+    sites = []
+    for i in range(len(sequence) - 23):
+        target = sequence[i:i+20]
+        pam_site = sequence[i+20:i+23]
+        if pam_site.endswith("GG"):
+            sites.append(target + pam_site)
+    return sites
+
+# Przykład użycia
+genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta")
+for gene in genes:
+    print(f"Gene ID: {gene.id}")
+    crispr_sites = find_crispr_sites(str(gene.seq))
+    print(f"Potential CRISPR sites: {crispr_sites[:5]}")  # wyświetl tylko 5 pierwszych

py/2.py

@@ -0,0 +1,47 @@
+def print_crispr_target(gene_sequence, gRNA, pam, gRNA_position):
+    # Długości sekwencji gRNA i PAM
+    gRNA_length = len(gRNA)
+    pam_length = len(pam)
+    
+    # Zbuduj schemat tekstowy
+    dna_display = list(gene_sequence)
+    gRNA_end = gRNA_position + gRNA_length
+    pam_start = gRNA_end
+    pam_end = pam_start + pam_length
+    
+    # Upewnij się, że PAM mieści się w sekwencji DNA
+    if pam_end > len(gene_sequence):
+        print("Error: PAM nie mieści się w sekwencji DNA. Sprawdź pozycję gRNA i długość sekwencji.")
+        return
+    
+    # Oznaczenie gRNA w konsoli
+    for i in range(gRNA_position, gRNA_end):
+        dna_display[i] = dna_display[i].lower()  # Zaznacz gRNA (małe litery)
+    
+    # Oznaczenie PAM w konsoli
+    for i in range(pam_start, pam_end):
+        dna_display[i] = dna_display[i].upper()  # Zaznacz PAM (wielkie litery)
+    
+    # Utwórz linię z końcami 5' i 3'
+    sequence_line = ''.join(dna_display)
+    
+    # Generuj znaczniki dla orientacji gRNA i PAM
+    marker_line = ' ' * gRNA_position + '^' * gRNA_length + ' ' * (pam_start - gRNA_end) + 'PAM'
+
+    # Wyświetl wyniki
+    print("Sense Strand (5' to 3'):")
+    print(f"5' {sequence_line} 3'")
+    print(f"   {marker_line}")
+    print("\nComplementary Strand (3' to 5'):")
+    complement = gene_sequence.translate(str.maketrans("ATGC", "TACG"))[::-1]
+    print(f"3' {complement} 5'")
+
+# Przykładowe dane
+gene_sequence = "ATGCGGCTAGCGACGGGAATTGAACCCGCGATGG"
+gRNA = "GACGGGAATTGAACCCGCGA"  # 20 nt
+pam = "TGG"  # PAM (NGG)
+gRNA_position = 12  # Gdzie w sekwencji zaczyna się gRNA
+
+# Wywołanie funkcji
+print_crispr_target(gene_sequence, gRNA, pam, gRNA_position)
+

py/3.py

@@ -0,0 +1,68 @@
+from Bio import Entrez, SeqIO
+from Bio.Seq import Seq
+
+# Ustaw swój adres e-mail (wymagany przez NCBI)
+Entrez.email = "your_email@example.com"
+
+# Funkcja do pobierania szczegółów genu
+def get_gene_info(gene_id):
+    try:
+        # Pobierz adnotacje genowe z NCBI
+        handle = Entrez.efetch(db="gene", id=gene_id, retmode="xml")
+        records = Entrez.read(handle)
+        
+        # Wyciągnij podstawowe informacje
+        gene_name = records[0]["Entrezgene_gene"]["Gene-ref"]["Gene-ref_locus"]
+        summary = records[0]["Entrezgene_summary"]
+        chromosome = records[0]["Entrezgene_source"]["BioSource"]["BioSource_subtype"][0]["SubSource_name"]
+        exon_count = len(records[0]["Entrezgene_locus"][0]["Gene-commentary_seqs"])
+        
+        # Wyświetl podstawowe informacje o genie
+        print(f"Nazwa genu: {gene_name}")
+        print(f"Opis: {summary}")
+        print(f"Chromosom: {chromosome}")
+        print(f"Liczba eksonów: {exon_count}")
+    
+    except Exception as e:
+        print(f"Wystąpił błąd podczas pobierania informacji o genie: {e}")
+
+# Funkcja do załadowania sekwencji genów z pliku FASTA
+def load_sequences(file_path):
+    return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta"))
+
+# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG") w określonym regionie
+def find_crispr_sites_in_region(sequence, start, end):
+    pam = "NGG"
+    sites = []
+    
+    # Ogranicz przeszukiwanie do wybranego regionu
+    target_region = sequence[start:end]
+    
+    for i in range(len(target_region) - 23):
+        target = target_region[i:i+20]
+        pam_site = target_region[i+20:i+23]
+        if pam_site.endswith("GG"):
+            # Zapisz pełną sekwencję wraz z lokalizacją w genomie
+            sites.append((start + i, target + pam_site))
+    
+    return sites
+
+# Przykład użycia
+gene_id = "835067"  # Przykładowe ID genu (należy zastąpić rzeczywistym ID odpornego na suszę genu)
+get_gene_info(gene_id)
+
+# Zakładamy, że sekwencja DNA jest już wczytana do pliku FASTA
+genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta")
+
+# Przykładowe pozycje startowe i końcowe genu odpowiedzialnego za odporność na suszę
+start_position = 1000  # przykładowa pozycja początkowa
+end_position = 2000    # przykładowa pozycja końcowa
+
+for gene in genes:
+    print(f"\nGene ID: {gene.id}")
+    crispr_sites = find_crispr_sites_in_region(str(gene.seq), start_position, end_position)
+    
+    # Wyświetl tylko 5 pierwszych wyników, wraz z ich pozycją w sekwencji DNA
+    for pos, site in crispr_sites[:5]:
+        print(f"Position: {pos}, CRISPR site: {site}")
+

py/4.py

@@ -0,0 +1,83 @@
+from Bio import Entrez, SeqIO
+from Bio.Seq import Seq
+from termcolor import colored
+
+# Ustaw swój adres e-mail (wymagany przez NCBI)
+Entrez.email = "baiobelfer@gmail.com"
+
+# Funkcja do pobierania szczegółów genu
+def get_gene_info(gene_id):
+    try:
+        # Pobierz adnotacje genowe z NCBI
+        handle = Entrez.efetch(db="gene", id=gene_id, retmode="xml")
+        records = Entrez.read(handle)
+        
+        # Wyciągnij podstawowe informacje
+        gene_ref = records[0]["Entrezgene_gene"]["Gene-ref"]
+        gene_name = gene_ref.get("Gene-ref_locus", "Brak danych")
+        summary = records[0].get("Entrezgene_summary", "Brak opisu")
+        
+        chromosome = "Brak danych"
+        if "BioSource" in records[0]["Entrezgene_source"]:
+            chromosome_data = records[0]["Entrezgene_source"]["BioSource"]["BioSource_subtype"]
+            if chromosome_data:
+                chromosome = chromosome_data[0].get("SubSource_name", "Brak danych")
+        
+        exon_count = len(records[0].get("Entrezgene_locus", []))
+        
+        # Wyświetl podstawowe informacje o genie
+        print(f"Nazwa genu: {gene_name}")
+        print(f"Opis: {summary}")
+        print(f"Chromosom: {chromosome}")
+        print(f"Liczba eksonów: {exon_count}")
+    
+    except Exception as e:
+        print(f"Wystąpił błąd podczas pobierania informacji o genie: {e}")
+
+# Funkcja do załadowania sekwencji genów z pliku FASTA
+def load_sequences(file_path):
+    return list(SeqIO.parse(file_path, "fasta"))
+
+# Znajdź potencjalne sekwencje gRNA (20 nukleotydów + PAM "NGG") w określonym regionie
+def find_crispr_sites_in_region(sequence, start, end):
+    pam = "NGG"
+    sites = []
+    
+    # Ogranicz przeszukiwanie do wybranego regionu
+    target_region = sequence[start:end]
+    
+    for i in range(len(target_region) - 23):
+        target = target_region[i:i+20]
+        pam_site = target_region[i+20:i+23]
+        if pam_site.endswith("GG"):
+            # Zapisz pełną sekwencję wraz z lokalizacją w genomie
+            sites.append((start + i, target + pam_site))
+    
+    return sites
+
+# Funkcja do kolorowania wyjścia
+def print_colored_crispr_sites(sites):
+    for pos, site in sites:
+        gRNA = colored(site[:20], 'blue')  # Sekwencja gRNA na niebiesko
+        pam = colored(site[20:], 'red', attrs=['bold'])  # PAM na czerwono i pogrubione
+        print(f"Position: {pos}, CRISPR site: {gRNA}{pam}")
+
+# Przykład użycia
+# Zmieniamy na ID genu "DREB2A" odpowiedzialnego za odporność na suszę w Arabidopsis
+gene_id = "355350790"  # Przykładowe ID genu DREB2A z NCBI
+get_gene_info(gene_id)
+
+# Zakładamy, że sekwencja DNA jest już wczytana do pliku FASTA
+genes = load_sequences("arabidopsis_genome.fasta")
+
+# Przykładowe pozycje startowe i końcowe genu odpowiedzialnego za odporność na suszę
+start_position = 1000  # przykładowa pozycja początkowa
+end_position = 2000    # przykładowa pozycja końcowa
+
+for gene in genes:
+    print(f"\nGene ID: {gene.id}")
+    crispr_sites = find_crispr_sites_in_region(str(gene.seq), start_position, end_position)
+    
+    # Wyświetl tylko 5 pierwszych wyników, wraz z ich pozycją w sekwencji DNA i kolorowaniem
+    print_colored_crispr_sites(crispr_sites[:5])
+