1i-2023
/
bio
32
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Packages Projects Releases Wiki Activity

u

This commit is contained in:
mpabi 2024-06-09 17:39:24 +02:00
parent f5b3d446e1
commit 5b8592fbd7
1 changed files with 8 additions and 1 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

9
gfp-old.py
View File

@ -31,6 +31,8 @@ def load_local_sequence(file_path):
record = SeqIO.read(file, "genbank") record = SeqIO.read(file, "genbank")
return record return record
#%%
# Ścieżki do lokalnych plików # Ścieżki do lokalnych plików
gfp_file_path = 'gfp_sequence.gb' gfp_file_path = 'gfp_sequence.gb'
plasmid_file_path = 'plasmid_sequence.gb' plasmid_file_path = 'plasmid_sequence.gb'
@ -65,9 +67,11 @@ else:
# Dodanie sekwencji kodującej His6 # Dodanie sekwencji kodującej His6
his6_tag = "CACCACCACCACCACCAC" # Sekwencja kodująca 6x histydynę (His6) his6_tag = "CACCACCACCACCACCAC" # Sekwencja kodująca 6x histydynę (His6)
#%%
# Sekwencja białka GFP z His6 tagiem na końcu # Sekwencja białka GFP z His6 tagiem na końcu
gfp_seq_with_his6 = gfp_seq + his6_tag t = gfp_seq_with_his6 = gfp_seq + his6_tag
#%%
# Projektowanie starterów # Projektowanie starterów
forward_primer = gfp_seq[:20] # Pierwsze 20 nukleotydów sekwencji GFP forward_primer = gfp_seq[:20] # Pierwsze 20 nukleotydów sekwencji GFP
reverse_primer = str(Seq(gfp_seq_with_his6[-20:]).reverse_complement()) # Ostatnie 20 nukleotydów + His6 reverse_primer = str(Seq(gfp_seq_with_his6[-20:]).reverse_complement()) # Ostatnie 20 nukleotydów + His6
@ -75,10 +79,13 @@ reverse_primer = str(Seq(gfp_seq_with_his6[-20:]).reverse_complement()) # Ostat
print(f"Forward Primer: {forward_primer}") print(f"Forward Primer: {forward_primer}")
print(f"Reverse Primer: {reverse_primer}") print(f"Reverse Primer: {reverse_primer}")
#%%
# Miejsca cięcia restryktazy # Miejsca cięcia restryktazy
enzymes = RestrictionBatch([EcoRI, BamHI, HindIII]) enzymes = RestrictionBatch([EcoRI, BamHI, HindIII])
restriction_sites = enzymes.search(record.seq) restriction_sites = enzymes.search(record.seq)
#%%
# Utwórz diagram plazmidu # Utwórz diagram plazmidu
diagram = GenomeDiagram.Diagram("pET-28a(+) Plasmid Map") diagram = GenomeDiagram.Diagram("pET-28a(+) Plasmid Map")
track = diagram.new_track(1, name="Annotated Features", greytrack=True) track = diagram.new_track(1, name="Annotated Features", greytrack=True)